[求救] real time PCR

看板Biotech (生命科學)作者 (中智˙禪˙生活)時間15年前 (2010/12/30 22:53), 編輯推噓3(308)
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我的樣本是動物初代培養細胞,之前先用trizol刮下來,放在-80保存 使用qiagen及DNase I獲得RNA,也有使用nano drop及跑膠確認品質 最近開始作real time PCR,使用的是biorad iQ5 要買sybr green 時,sales跟我說最近有出新的染劑evagreen,也是biorad原廠的 但是這個東西老闆以前沒有用過,所以保持懷疑的態度 要我自己去試試看好不好用 想請問各位前輩有沒有人用過這個東西,如果我要測試好不好用 1.評估的基準是甚麼?目前想到的只有測試efficiency 另外,primer的部分主要是跟著已發表的文章設計,可是發現部分跑出來的很不漂亮 目前有發現會有兩條band,或是根本跑不出band 現在還有一個不知道如何解釋的結果 2.在melting curve的波峰處有一個小小的M字型,大約是整個波的十分之一尖端處 這樣也算有兩個產物嗎?跑膠結果是只有看到一條band 3.melting curve peak溫度有很重要嗎?我的差不多一半在70幾度 4.想要使用96孔盤跑,但是有學姐說使用原廠膠膜會有收縮現象,所以周圍的孔會露出來 不知道大家有沒有這種狀況,是不是有推薦哪一家可以使用呢? 以上問題煩請各位前輩不論賜教,感恩!! -- 中文名:嘉蘭 學名:Gloriosa rothschildiana O'Brien 科名:Liliaceae  百合科 別名:嘉蘭百合、火焰百合、印度百合 有毒部位:全株有毒,塊根尖端毒性最強。 中毒病狀:誤食後引起唇、舌、咽喉刺痛,接著麻木、腹部灼痛, -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 111.249.181.183

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1.兩者放相同量的DNA下去各別的kit內 按照建議設定
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比較cp 沒差很多的話就沒甚麼問題 相對定量的話影響不大
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12/31 04:20, , 3F
2.目測同樣大小的band很難說是相同序列 序列的不同也會讓
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Tm值有差..有可能P到base差幾個的片段 single copy gene?
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有沒有不同alle的可能? 或者用3%的agarose去試著跑開看看
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3.端看你的產物大小和GC% 沒有絕對值 peak溫度越集中越好
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4.膠膜問題多多,表面多少不太平整 還是tube比較穩定一點
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狠一點 可以叫生技公司 完全示範一次給你看才買
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試過Evagreen, 比原來的SYBR green 之靈敏度還高
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理論上EVA GREEN是saturate dye所以會比SYBR的訊號強
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而且也應該會更靈敏沒錯
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文章代碼(AID): #1D79pJkP (Biotech)
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