[求救] PCR產物的smear

看板Biotech (生命科學)作者 (西恩)時間14年前 (2011/09/24 01:01), 編輯推噓6(604)
留言10則, 7人參與, 最新討論串1/1
最近要篩選帶有點突變的一段序列 其中positive control一直跑不出來(就是用primer夾無點突變的wild type) 用gradient跑出來也全部smear 但我很確定我抽的wild type DNA沒有被degraded 因為篩其他的片段都沒問題 偏偏就這個跑不出來 至於我的PCR是 primer1(10uM) 0.5ul primer2(10uM) 0.5ul dNTP(2.5mM) 1ul 10x buffer 2.5ul Taq 0.5ul ddH2O 19ul template 1ul --------- total 25ul 之前想說會不會是template濃度太高 所以有減半過但還是smear很嚴重 請問除了annealing溫度 template濃度之外還有甚麼因素呢@@? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.230.173

09/24 03:16, , 1F
DNA濃度高的時候減半還是太多 請十倍稀釋
09/24 03:16, 1F

09/24 05:43, , 2F
你要不要先把reagent.DNA.primer等濃度列出再來討論?
09/24 05:43, 2F
補了

09/24 07:34, , 3F
一般用gDNA跑的都是先稀釋過好幾個0耶 條件列出來吧
09/24 07:34, 3F
但用其他primer夾其他的片段都沒問題~"~ 而這個primer設計上應該也沒問題 因為之前學長也跑出來過 就是不知道問題出在哪... 感謝回答~~~

09/24 10:12, , 4F
primer conc.應該是uM吧?是筆誤還是真的用mM.
09/24 10:12, 4F
抱歉筆誤 冏

09/24 10:52, , 5F
buffer裡面就含有Mg2+了嗎? 金屬離子也可能影響到
09/24 10:52, 5F
buffer是否有Mg2+ 這我就不清楚... 那我去實驗室的時候注意看看 ※ 編輯: shienn 來自: 140.112.4.200 (09/24 11:15)

09/24 11:22, , 6F
有沒有可能primer壞了,重新拿stock稀釋或從訂。
09/24 11:22, 6F

09/24 12:36, , 7F
所以template濃度到底是多少??
09/24 12:36, 7F

09/24 20:11, , 8F
對阿template濃度到底是多少
09/24 20:11, 8F

09/24 20:12, , 9F
還有program跟expected size也列一下
09/24 20:12, 9F

09/24 23:43, , 10F
反應時間?
09/24 23:43, 10F
文章代碼(AID): #1EVBjRuK (Biotech)
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