Re: [求救] High Range DNA Ladder

看板Biotech (生命科學)作者 (licat)時間12年前 (2013/04/05 19:03), 編輯推噓3(3015)
留言18則, 5人參與, 最新討論串2/2 (看更多)
我想你的目的應該是, 要確認這個接好的15 kb質體是不是正確地被構築 如果是這樣, 其實你應該先確認你的質體上限制脢的切位 選擇適合的數種限制脢組合來切割你的質體後, 再跑電泳確認是否如預期大小 例如本來15 kb大小的質體預期被... BamHI切割後, 會變成 1 kb + 8kb + 6 kb SalI切割後, 會變成 3 kb + 5 kb + 7 kb XbaI切割後, 會變成 5kb + 8 kb + 2 kb XhoI+EcoRV切割後, 會變成 2 kb + 3 kb +10 kb 等等, 然後分別進行酵素反應後, 再跑電泳確認是否如你的預期, 以這種方式來確認 所以你最好先知道你接到pBR322的各個片段中, 有甚麼酵素切位 如果有某個片段是你不知道序列, 所以無法預測酵素切位的, 也沒關係 至少你一定知道pBR322, DsRed...這些的序列, 就可以用以選擇該使用那些酵素了 因此其實你不需要買那個大片段的marker, 因為你們似乎沒有適合的電泳設備 然後分析大片段又比較麻煩跟不準確 而且環狀跟線狀DNA電泳速率不同, 是沒有辦法互相比較的 (質體一定要經過限制脢切割後才能與線狀DNA marker比較) 這是我的建議, 歡迎討論 :) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 36.229.210.193

04/05 19:11, , 1F
所以一次使用2種以上的酵素做切割是可行的嗎?
04/05 19:11, 1F

04/05 19:12, , 2F
我建構之後的replicon質體是已經有做過定序的
04/05 19:12, 2F

04/05 19:13, , 3F
只是還想要更貪心一點,做出全長clone
04/05 19:13, 3F

04/05 19:13, , 4F
只是初步做的時候會因為片段大小增加不明顯
04/05 19:13, 4F

04/05 19:14, , 5F
所以想試試看這種大範圍的DNA marker
04/05 19:14, 5F

04/05 19:15, , 6F
感謝您的想法,等連假結束後我可以試試看,非常感謝您!
04/05 19:15, 6F

04/05 19:16, , 7F
一次切割兩種以上酵素是可行的 只是要注意buffer相容性
04/05 19:16, 7F

04/05 19:17, , 8F
不大確定你的定序方式是?
04/05 19:17, 8F

04/05 19:18, , 9F
一般的定序方式只能確認大概1 kb片段吧
04/05 19:18, 9F

04/05 19:19, , 10F
而且無法確認你接進去的方向性是否正確 等等問題
04/05 19:19, 10F

04/05 19:21, , 11F
以酵素切割做初步大小的確認,再以多組引子送生技公司定序
04/05 19:21, 11F

04/05 19:22, , 12F
每個片段都是以兩種不同酵素切位做專一性連接
04/05 19:22, 12F

04/05 19:25, , 13F
了解~
04/05 19:25, 13F

04/05 20:15, , 14F
推這一篇,而且文章內已經提到不需用兩種酵素切,你應該找一
04/05 20:15, 14F

04/05 20:18, , 15F
個酵素具有多點切位的作用當作fingerprinting方式確認size
04/05 20:18, 15F

04/06 01:04, , 16F
單一enzyme有多個切位也行,主要是讓你容易在跑電泳的時候分析
04/06 01:04, 16F

04/06 01:06, , 17F
看到這樣的發問~我好奇你知道DNA marker是用來標定linear
04/06 01:06, 17F

04/06 01:07, , 18F
DNA的嘛?!也就是15K DNA不切成linear會跟marker對不起來
04/06 01:07, 18F
文章代碼(AID): #1HNg-TI- (Biotech)
討論串 (同標題文章)
文章代碼(AID): #1HNg-TI- (Biotech)