[求救] HPLC分離後的胜肽，合成回來後RT改變
小弟最近以HPLC將一個發酵產物分離出許多不同分子量的fraction
column:TSK G2000swxl (size exclusion chromatography)
mobile phase:KH2PO4 100 mM + 1M NaCl + 1mM EDTA
detector:UV
之後將這些fraction拿去以LC-MS/MS鑑定各根fraction中可能存在的序列
再分析各根fraction中哪段序列的可信分數為最高
將這段選定序列，送去外面生技公司做胜肽合成
合成回來的peptide我拿去再以同樣條件HPLC打一次
發現此peptide的RT，和我一開始以HPLC分離下來的fraction的RT不同(差很遠)
有想過是不是溶解度的問題
後來我也依照peptide性質以適合的有機溶劑溶解
但跑出來結果，和以水溶解沒有差別==
就分子篩column來說，就算某根fraction內可能的氨基酸序列有數條
那RT差一點點或許可以接受
但RT差有點多....我真的想不出是什麼原因造成的....
而且合成胜肽的peak的RT range也有點寬...不像是正常peak...
附圖在此https://www.dropbox.com/s/idn79zmeiuw6ro6/%E5%9C%96%E7%89%871.jpg
再麻煩各位有經驗的大大幫我解惑了!!!感恩~~
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