Re: [期刊] figure判讀

看板Biotech (生命科學)作者thai772 (痴哥)時間11年前 (2014/12/14 15:48)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《a7225463 (明智)》之銘言： : 期刊名稱：Acetylation of Snail Modulates the Cytokinome of Cancer Cells to Enh : ance the Recruitment of Macrophages : 第一作者出版年分： : Hsu DS. 2014 Oct 13;26(4):534-48. : 文獻網址： : http://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(14)00365-1 : 大致內容： : 早先我們知道Snail可作為repressor抑制E-cadherin表現而促使EMT的產生。本篇作者討 : 論說Snail 也可藉由被CBP/p300 acetylation來promote target genes的transactivatio : n : 其中有一類target genes是cytokine genes，而cytokine genes有很多，在paper中小弟 : 我不懂為何用ingenuitypathway analysis(IPA)可縮小genes的觀察範圍（差不多在figur : e5E處有提到），以及在supplementary中fig S4B如何判讀使作者直接認為TNFalpha ,CCL : 2 andCCL5它們在Snail所調控的cytokine中是最重要的呢？而上面明明還有IL-8卻不看它 : 呢？ : 小弟學識淺薄還請各位大大賜教 : 如有認知上錯誤的小弟先說聲抱歉 : 謝謝大家！！其實你的問題都是在問IPA，同時也是這篇paper也很少著墨的地方，你只要弄懂IPA就全部看懂了。簡單的說，作者將晶片的數據資料做整理，上傳至IPA分析，IPA有個功能叫network analysis，它會將你的晶片表現資料與IKB資料庫做交叉比對及運算，出來的結果會呈現很多network，例如chemokine, heart disease, tumor等等，每個network又會以score高至低排序，此順序代表晶片基因表現資料所可能正在進行的network。圖S4A就是一個network，其中紅色的代表此基因大量的正向表現，如此而已。拉回來，作者就是用這樣的方式將龐大的基因表現資料縮小到只有那個network，再只看那三個基因。這裡問題就出現了，他們爲什麼只做那三個而沒挑IL8，它也是紅色的啊。作者在討論裡面說因為他們比較中間，這根本呼弄的，圖裡面每個基因每個圖每條線都是可以自由移動的，在中間只是因為這些基因在該network裡連結比較多，所以軟體在layout的時候會自動將他們置於中央減少線條混雜的困擾。我想他們選的原因在於，這個network的排序很前面，可能性很高。而該network中大量表現的基因有四，為何不選IL8在討論的地方有講到，他們只要分析chemokine就能解釋IL8，在TAM那邊。大致上就是這樣，文章的部分太多資訊了我沒有看齊全，如果有錯麻煩指正。IPA的部分不懂我可以再補充。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.64.48.9 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1418543287.A.A66.html