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[求救] NCBI 下載基因序列

看板Biotech (生命科學)作者 (平行線上的交集....)時間10年前 (2015/04/16 13:23), 10年前編輯推噓1(1推 0噓 21→)
留言22則, 5人參與, 最新討論串1/1
大家好， 我平常從 NCBI nucleotide 中查到需要的基因的序列後， 用右上角 Send 選項裡的 Complete Record -> File -> GenBank (full) -> Creat file 雖然訊息完整，但是像 FEATURES 裡， mRNA or CDS 會註明 join(1..54,254..294...) 但是下載的序列還是全部都是小寫。 請問有沒有辦法下載出把 exon 以大寫顯示的格式? 或是有沒有軟體可以快速地轉換? 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 73.164.8.164 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1429161790.A.1B6.html
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推
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word
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等等 你是只要exon大寫其他小寫嗎?
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選擇你要變成大寫的文字，再找找軟體中類似『變成大寫』的項
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目。現在幾乎所有可以開啟純文字檔的軟體都做得到這件事吧。
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而且，你下載的也只是 exons 序列，看小寫比較不傷眼……
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抱歉，我可能沒有表達得很清楚，
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我下載的序列是 gene region，包括 exon 和 intron
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我想要把 exon 標成大寫，方便區分，也可以畫出
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splicing map。當然一個一個對著 join 訊息把 exon
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標出來也是可以。只是想知道有沒有一開始下載時就
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※ 編輯: silverberry (73.164.8.164), 04/18/2015 13:54:15
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會把 exon 標成大寫的方法。
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附上我將要用來畫圖的網站
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謝謝~
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NCBI可以從gene找到裡面的tool,可以抓你要的seq,不過in/ex
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是以底色分區的,要自己處理;如果是UCSC就可以自選gene或
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output region時,設定你要哪些特徵以大小寫的形式
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要直接分色的話，我接薦 UCSC 和 Ensembl。NCBI gene 有聯結
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它們已經幫你畫好圖了
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謝謝兩位~ 受教了 ^ ^ m(_ _)m
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