Re: [求救] 有高手會用ImageJ估gel上band的分子量嗎

看板Biotech (生命科學)作者Ice9 (cool snovv)時間10年前 (2015/05/11 07:58)推噓3(3推 0噓 1→)

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※ 引述《cmid05 (酷拉皮卡)》之銘言： : ImageJ有個插件是Macro for Molecular weight : 可以用marker的位置推算跑完Western Blotting後各個band(蛋白質)的分子量大小 : 我參考了 http://www.phase-hl.com/ImageJ/MolWt-Macros.pdf 這份PDF : 做到一半還是卡住了 : 不知道有沒有大神可以分享一下大致的做法感激不盡! : 或是不知道有沒有更推薦的軟體或算法謝謝<(_ _)> 所以，你有下載他網頁上的 MolWt.txt 吧？這個必須有，但得修飾它成四個檔案。我試了一晚上才知道可能的問題在哪兒，也試作成功了。因為你也没說你卡關卡在哪兒，索性就我的經驗來說明。試作環境： Mac OS X (10.10.3) Java 1.6.0_65 (64-bit) ImageJ 1.49s 解說： 1、準備一份很單純的 txt 檔。寫下 marker 的 basepair number。不要加單位，可以不按順序。 2、用純文字編輯器打開作者的 MolWt.txt 檔。裡面可以看到 script 的四個部分，是以 macro "$%&*" 為名稱，並以 //---- 做區隔的四個部分： Open MW File Select Reference Bands Calculate Regression Line Estimate Unknown MW 將四個部分，分別剪貼成新的 txt 檔案，重新命名。名稱最好就是那四個 macros names。然後按照 PDF 檔案上面的說明，分別安裝到 ImageJ 上面。 3、Point tool 只能使用 single point。 Multipoint 無效，macro 只會認最後一個 point。我不曉得有没有辦法修改 macro 檔案使得 multipoint 可以運作。我自己不太懂怎麼寫 script。 4、所有步驟一切按照 PDF 檔案上的說明操作就没問題了。該跳出來的對話框一樣會跳出來。我自己用 100bp DNA marker 的電泳圖計算一個 PCR product 的大小，在 300-400 bp 的位置中，算出來的點只差一個 bp—— 當然，這和手抖的程度和眼睛銳不銳利有關。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 27.51.132.205 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1431302311.A.267.html