[求救] PCR定序結果 forward跟reverse完全不同

看板Biotech (生命科學)作者 (polomi)時間10年前 (2015/07/02 17:04), 編輯推噓0(007)
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最近利用pUC18做質體的構築, 然後送給定序公司做定序, 而forward的結果是符合預期的結果, 原始檔案AB1的結果除了起頭外, 其餘都是單一的peak。 但是revers的結果大都為雜亂無章的, 也都對不上預期的序列。 主要是使用定序公司提供的primer, 看回收結果forward是M13F(-20), revers端則是M13R(-24)。 而詢問定序公司的結果, 則是表示我所需定序的plasmid在revers端有瑕疵的產生? 有送了三次, 因為之前主要都是只看到forward沒問題, 沒仔細再一次revers端是否正確, 三次都是相同的問題。 請問這是代表我的pUC18是有問題的嗎? 還是會有其他原因? 抑或是我的plasmid pUC18有問題嗎? 或是該如何去排除? 先在此感謝大家了~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.107.165.123 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1435827888.A.BC9.html

07/02 17:46, , 1F
design another forward primer to read through the end…
07/02 17:46, 1F

07/03 14:54, , 2F
reverse亂黏, 可重新設計或是同一樓
07/03 14:54, 2F

07/03 22:09, , 3F
Reverse 的定序 AB1 圖是單一 peak 但是序列都不對嗎?
07/03 22:09, 3F

07/04 00:26, , 4F
看起來insert超過1k?
07/04 00:26, 4F

07/04 23:46, , 5F
可能你的reverse primer有多個binding site吧? insert中有
07/04 23:46, 5F

07/04 23:46, , 6F
相似序列?
07/04 23:46, 6F

07/04 23:49, , 7F
同一樓 從已定出的序列設計新primer
07/04 23:49, 7F
文章代碼(AID): #1LbFwml9 (Biotech)
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