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[求救]兩基因表現相關性

看板Biotech (生命科學)作者 (muynia)時間9年前 (2016/05/24 23:25), 編輯推噓5(5推 0噓 31→)
留言36則, 6人參與, 最新討論串1/1
大家好, 我利用qRT-PCR檢測幾個基因在數十種不同細胞株中的表現， EXCEL作圖後發現A基因表現量高，B基因表現量也變高。 但是EXCEL只能畫出兩條線的趨勢... 沒有辦法更準確地讓我知道是否有意義。 想要請問有甚麼軟體能夠呈現這樣的關係。 或是更清楚的告訴我這兩個基因的相關性。 謝謝各位的意見! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 142.1.36.73 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1464103500.A.829.html
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05/24 23:49, , 1F
excel有correl函數,是pearson correlation,可自行google
05/24 23:49, 1F
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05/24 23:51, , 2F
一般也會用prism軟體,有youtube教學用spearman或pearson
05/24 23:51, 2F
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05/24 23:52, , 3F
correlation; 當然可用的軟體也不只這些...
05/24 23:52, 3F
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05/25 01:25, , 4F
謝謝你 我研究一下!!
05/25 01:25, 4F
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05/26 03:43, , 5F
真的只看兩個gene的mRNA表現量就能看有沒有相關性嗎..
05/26 03:43, 5F
推
05/26 04:44, , 6F
樓上那番話 這幾年推銷rna seq跟array的時候我也很常講 lo
05/26 04:44, 6F
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05/26 04:44, , 7F
l
05/26 04:44, 7F
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05/26 07:39, , 8F
主要是初步的篩選。相關性..當然需要實驗的部分證實。
05/26 07:39, 8F
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05/26 11:09, , 9F
相關性來自統計檢定,只看兩個基因當然可以看相關性
05/26 11:09, 9F
推
05/26 15:23, , 10F
statistic or biological significance
05/26 15:23, 10F
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05/26 16:14, , 11F
生物什麼時候會用到"相關"？
05/26 16:14, 11F
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05/26 16:15, , 12F
一直都是借用統計來檢定有無"相關"阿
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05/26 16:18, , 13F
比如:A影響B,B促進C,或C跟D一起被調控,透過生物機制解釋阿
05/26 16:18, 13F
推
05/26 16:25, , 14F
可能是原po只看細胞間的表達有相關的基因 ，頂多看基因
05/26 16:25, 14F
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05/26 16:25, , 15F
之間調控，應該無法回答造成phenotype的原因
05/26 16:25, 15F
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05/26 16:27, , 16F
你想說的應該是兩個基因表現的統計相關,是不是可在細胞或
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05/26 16:29, , 17F
個體看到,也就是生物意義,而不是講兩個基因能不能看相關性
05/26 16:29, 17F
推
05/26 16:29, , 18F
應該只能推斷AB基因的關係 無法回答AB基因造成的生物功
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05/26 16:29, , 19F
能改變
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05/26 16:29, , 20F
我說的是Ianthegood
05/26 16:29, 20F
推
05/26 16:35, , 21F
其實回到虛無假設就很清楚了 哈
05/26 16:35, 21F
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05/26 16:54, , 22F
我是在想原po問的是不是統計的相關性啦...
05/26 16:54, 22F
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05/26 16:57, , 23F
假設它的癌細胞transcription全面提升 統計就算有相關
05/26 16:57, 23F
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05/26 16:57, , 24F
也不是太informative 只看這兩個gene的相關性也得不到
05/26 16:57, 24F
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05/26 16:58, , 25F
原因不是嗎
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05/26 17:58, , 26F
回答你的第一個推文,兩個基因可不可以看相關性?當然可以
05/26 17:58, 26F
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05/26 18:01, , 27F
但相關性本來就沒辦法回答背後的造成因素; 這是兩個問題
05/26 18:01, 27F
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05/26 19:00, , 28F
抱歉用字造成誤會，我以為原po想問的不是統計
05/26 19:00, 28F
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05/26 22:08, , 29F
我想問統計相關性。感謝blence的回答，幫助我不少!
05/26 22:08, 29F
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06/15 02:10, , 30F
那應該是 statistic significance or biological effect
06/15 02:10, 30F
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06/15 02:13, , 31F
我是用Pearson's corr Excel裡公式就是 '=corr'非常簡單
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06/15 02:13, , 32F
但要算p for r那就不容易了 要自己寫計算式 Prism則可以
06/15 02:13, 32F
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06/15 02:14, , 33F
直接幫你都算出來 不過我比較好奇的是 sample size夠大
06/15 02:14, 33F
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06/15 02:15, , 34F
到支持你推翻虛無假設嗎?
06/15 02:15, 34F
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06/15 02:16, , 35F
另外圖的呈現 如果是以兩個gene 多個cell line的情形
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06/15 02:16, , 36F
X-Y分布圖是最容易看出Correlation趨勢與方向的可以試試
06/15 02:16, 36F
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