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[求救] NGS data的呈現方式?

看板Biotech (生命科學)作者 (erikwing)時間9年前 (2016/06/13 17:03), 9年前編輯推噓7(7推 0噓 17→)
留言24則, 6人參與, 最新討論串1/1
實驗室最近交派一批NGS的data給我分析 目前已經是分析完畢 就差怎麼呈現出來了 像是gene differential, gene fusion 之類的 希望能推薦些應用NGS 的 paper來參考 謝謝大家的幫忙 ps.目前打算將significant top 10做成bar圖呈現 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.116.192.164 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1465808619.A.688.html
推
06/13 20:03, , 1F
scatter, plot volcano plot, heat map,PCA, venny diag
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06/13 20:03, , 2F
ram, boxplot
06/13 20:03, 2F
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06/13 20:04, , 3F
每張圖都有自己的含義 可以參考別的廠商是怎麼做的
06/13 20:04, 3F
感謝lelo大的建議，剛剛試著做出一些圖，正在想辦法解釋
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06/13 20:25, , 4F
請實驗是介紹paper比較好,不然你畫出一堆,看的人未必喜歡
06/13 20:25, 4F
實驗室基本上除了我跟老師，也沒人在用NGS data了，然後我的老師也是第一次接觸NGS ，問老師也是叫我盡量分析…囧 ※ 編輯: erikwing (140.116.192.164), 06/13/2016 21:26:41
推
06/13 23:11, , 5F
找些paper來討論想看甚麼樣的囉
06/13 23:11, 5F
推
06/14 00:50, , 6F
反過來說，你們想用 NGS data 講什麼故事?
06/14 00:50, 6F
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06/14 00:50, , 7F
如果能和大家說一下，大家比較好推薦~
06/14 00:50, 7F
推
06/14 02:43, , 8F
看你想說什麼故事啊 同樣一份open data人家發過的都
06/14 02:43, 8F
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06/14 02:44, , 9F
可以重新分析再發一篇了
06/14 02:44, 9F
目前是打算把NGS當作是個連結: 已知物種A的機制 利用B物種的NGS data找跟A的相關連 然後再就B的機制再繼續進一步研究 不知道這樣說會不會太模糊? 麻煩大家了 謝謝 ※ 編輯: erikwing (140.116.192.164), 06/14/2016 11:12:48
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06/14 12:13, , 10F
雖然可猜出來,但是WGS,WES,RNAseq,還是ChIPseq,這算基本吧
06/14 12:13, 10F
啊啊～抱歉忘了說 是RNA-seq ※ 編輯: erikwing (140.116.25.140), 06/14/2016 13:57:42
推
06/14 22:26, , 11F
還是猜不太出來 Orz 假設 1.貴實驗室已有後續 B 機制
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的研究成果 2. RNAseq 數據剛好有 3. paper 目標是
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該領域而非著重於 NGS
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06/14 22:28, , 14F
圖1-B1/B2 -> scatter plot -> DEG cutoff -> mark
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出 A 機制裡的 genes
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圖2-DEG list -> GO -> GO::A 機制 venny diagram ->
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key genes box plot
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06/14 22:30, , 18F
接著就可以進一步是 qPCR 等等等的故事了
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06/14 22:30, , 19F
當然如果 GO 裡找到其他 A 機制裡可能有關的調控
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順序也可以反過來。
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06/14 22:39, , 21F
原po寫的太少了,看不出這是可配對的B1/B2,還是一群B1~Bn
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推
06/15 05:41, , 22F
PCA先看看 圈不出差異就甭作下去了
06/15 05:41, 22F
推
06/15 09:01, , 23F
對啊，同意樓上們。coverage 夠不夠? depth 如何?
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06/15 09:02, , 24F
如果 data quality GG 也不用玩了~
06/15 09:02, 24F
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