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mRNA-seq 解讀疑問

看板Biotech (生命科學)作者 (yuang)時間1月前 (2024/07/27 14:05), 編輯推噓2(2推 0噓 24→)
留言26則, 5人參與, 1月前最新討論串1/1
大家午安啊 小弟與學妹近期突然被老師要求樣品送測mRNA-seq與miRNA array。 目前結果已收到，但 對於結果的判讀還是有一些不太清楚，想請教前輩們後學觀念是否有誤。 範例組別 A: Control group B: Drug 1 C: Drug 2 跑完分析後，拿到GO長條圖。 結果範例 [顯示-log(p value)數值] inflammatory response B vs A : 12 C vs A：5 我自己的解讀是經過B處理後的細胞在發炎反應的路徑是更具有調控性。相較來說C則沒那 麼明顯。 不過合作醫師的解讀是B能讓細胞產生更多促進發炎訊號。 我粗淺認為p value是統計差異，原始訊息應該包含高與低，所以不能看到數字越高就解 釋表現量的提升。 與醫師詢問後一直沒有個確切的結論出來Orz, 樣本是由合作醫師去處理委測的流程，所 以也不知道要跟哪個單位確認。 如果我的觀念是錯的請各位前輩不吝鞭打QvQ 謝謝大家 距離畢業最後一哩路收到這樣的大禮包實在有點苦惱（非分生實驗室，對於這個分析包含 老師都是第一次接觸） -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.72.181.214 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1722060350.A.627.html
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07/27 16:21, 1月前 , 1F
p value 這代表可信度，不代表量的多寡
07/27 16:21, 1F
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07/27 16:21, 1月前 , 2F
*這->只
07/27 16:21, 2F
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07/27 16:23, 1月前 , 3F
go 你要看他所參與的基因表現差異，可以看到每個term中的基
07/27 16:23, 3F
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07/27 16:23, 1月前 , 4F
因表現差異量
07/27 16:23, 4F
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07/27 16:25, 1月前 , 5F
一般go會把基因高低的資料扁平化，直接抓DEG是有或是無 ，
07/27 16:25, 5F
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07/27 16:25, 1月前 , 6F
上升兩倍跟上升20倍都會被歸類在上升的組別
07/27 16:25, 6F
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07/27 16:26, 1月前 , 7F
go蠻容易忽略掉不少東西的，我個人比較喜歡用GSEA去抓
07/27 16:26, 7F
推
07/27 20:47, 1月前 , 8F
你和合作醫師的解讀 都不算錯
07/27 20:47, 8F
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07/27 20:49, 1月前 , 9F
因為和發炎有關的基因越多 enrichment analysis的p越小
07/27 20:49, 9F
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07/27 20:50, 1月前 , 10F
尤其你BC兩結果 p值量級差很多
07/27 20:50, 10F
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07/27 20:50, 1月前 , 11F
不過 這不是代表"表現量"變高變低
07/27 20:50, 11F
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07/27 20:51, 1月前 , 12F
把那些基因挑出來畫 heatmap 會看更清楚
07/27 20:51, 12F
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07/27 20:51, 1月前 , 13F
上面說的GSEA結果確實會比較好
07/27 20:51, 13F
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07/28 09:24, 1月前 , 14F
你有原始相對差距值還是只有P值？ 因P的確無法反應量多寡
07/28 09:24, 14F
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07/29 00:45, 1月前 , 15F
謝謝Bo,hw前輩的解釋。我會再跟醫生詢問GSEA方式
07/29 00:45, 15F
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07/29 00:49, 1月前 , 16F
Qaa您好，目前我有拿到原始數據。但依照範例。我有發現被
07/29 00:49, 16F
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07/29 00:49, 1月前 , 17F
匡列的基因並不全然有倍率差異（fold change =1)，這使我
07/29 00:49, 17F
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07/29 00:49, 1月前 , 18F
有點難從原始數據作解釋qq。不知道您有什麼建議的做法嗎？
07/29 00:49, 18F
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07/29 00:49, 1月前 , 19F
感激不盡
07/29 00:49, 19F
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07/29 20:15, 1月前 , 20F
你們想從B:A跟C:A之中探究B跟C有無差異,為什麼何不B:C
07/29 20:15, 20F
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07/29 20:19, 1月前 , 21F
就算用B:A與C:A去做GSEA,也會遇到p值都顯著時怎麼比的情況
07/29 20:19, 21F
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07/29 20:35, 1月前 , 22F
我覺得你們在B跟C之間缺乏用p值來仲裁,造成結論各說各話
07/29 20:35, 22F
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07/30 23:49, 1月前 , 23F
了解，謝謝b大的建議，這部分會與醫師修正比較的組別
07/30 23:49, 23F
推
08/01 11:52, 1月前 , 24F
常見會在p已經有顯著差距下用2倍差當篩選列出大於2倍差的
08/01 11:52, 24F
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08/01 11:53, 1月前 , 25F
先做一些途徑的解讀 如果能看出一些能歸類的
08/01 11:53, 25F
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08/01 11:54, 1月前 , 26F
再把小於兩倍差的一起列出當旁證
08/01 11:54, 26F
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