Re: [問題]關於抽質體DNA的問題

看板Biology (生物學)作者KLAHA (Scars of sabbath)時間21年前 (2004/02/18 13:04)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《zerpher (畫圈圈..ψ︶︿︶)》之銘言： : ※ 引述《palan (燃燒吧!脂肪!)》之銘言： : : 我不知道我記的對不對... : : 好像是在抽DNA的過程中 : : 會使雙股的DNA打開成為單股 : : 再令其重新配對 : : 但genomic DNA比較大 : : 所以重新配對回去不易故沉澱.. : 其實這個觀念很多老師也這樣講過 : 我以前也這樣認為 : 直到被一個老師糾正後才知道不對 : 使用Alkaline Lysis 抽取 plasmid 的原理 : 是利用在一個小範圍的pH(12.0-12.5) : 這時候linear DNA會denature : 但CCC (covalently closed circular) DNA : (就是plasmid)"不會denature" : 此時Chromosomal DNA is denatured : 當我們將溶液中和以後Chromosomal DNA renature : 並且和蛋白等巨分子糾結然後可以被離心沉澱 : 這就是plasmid抽取的原理 : 附上一個網址裡面介紹的還蠻詳細的 : http://www.sfu.ca/bisc/bisc-429/Monday_29_september.htm 我去察了一下書(gene cloning 4ed/T. A. Brown), 順便看一下大學時寫報告參考的BCT網頁... 發現BCT網頁上的有錯哎...*汗* http://juang.bst.ntu.edu.tw/BCT/Chapters/Chap2-1.htm#2.1 這個實驗是以 alkaline lysis 的方法進行，其原理是將細菌以 NaOH 及 SDS 分解，並使蛋白質及 DNA 變性，繼之以酸中和。在此情況下，小分子質體 DNA 在中和後可恢復原態，但大部份的細菌染色體 DNA 則無法完全復原而與 SDS-K+ 所形成之複合物一起沉澱下，可以離心去除之，上清液中所含的質体則可以酒精或異丙醇將其沉澱下來。錯的是這一句"小分子質體 DNA 在中和後可恢復原態" 事實上是小分子質體 DNA以supercoiled form型式存在所以在pH 12-12.5仍不denature 而non-supercoiled form的genome DNA則是在中合後因無法完全的回復所以東牽西連成一個NETWORK..而生成複合物沉澱所以重點是"supercoiled form 和non-supercoiled form"是否在pH12-12.5 denatured 還有coDNA ccDNA和 supercoiled應該是不一樣的(Topoisomerase 相關) 當然很多時候它們也是混用的 http://www-biology.ucsd.edu/classes/bimm100.FA00/07.ProkChrom.html 1. Common Examples in double-stranded DNA (dsDNA): Linear: break in backbone of both strands, opposite each other or close If close, then have short region of single-stranded DNA (ssDNA) Open circular: break in one strand, other strand is closed circular ... ocDNA Closed circular: both strands are closed, no breaks also called Covalently Closed Circular DNA (cccDNA or ccDNA) Supercoiled DNA: ... [Brown, Fig 6.11] covalently closed circular DNA contains helical structure IN ADDITION to the Watson-Crick double helical structure ... 不過~anyway沒差~反正在supercoiled 及ccDNA都不會在pH12-12.5 denatured -- 輕囁寒冷的氣息.將之寄托風中..懷著琥珀色的憂傷.好似就快因此被撕裂了... 今夜在這相會所承諾的約束..嘆息.黑闇的彼方.. 教堂鐘聲響起的時刻.淡淡的迴盪在光中.. 淡淡融融的月光.照映出的身影..襯著深紅色的薔薇.彷彿就這麼染上了顏色.. 今夜在這相會所承諾的約束..嘆息.黑闇的彼方.. 教堂鐘聲響起的時刻.輕輕的搖曳在光中.. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.234.180