[求救]如何從PDB fromate資料中分析出蛋白質的DNA binding residue?

看板Biology (生物學)作者 (??)時間17年前 (2009/01/13 03:16), 編輯推噓1(100)
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請教各位高手,這個問題已經困擾我很久了,可是我並非本科系,所以有一些推測出來 想法也不確定是否真的如我所想,看過PDB formate的說明書,可是裡面並沒有很明確的 解釋那些residue是與DNA binding有關,理論上他們判斷是否DNA binding是與此residue 與DNA的距離來決定的(不確定是否如此)。那要如何判斷某個residue與DNA的距離呢? 是否可以舉例說明?因為需要寫程式來判斷binding residue, PDB的format相當的複雜,已經摸索一陣子還是不著頭緒, 懇請各位不吝指教! 可以寄信給我或者是加我的skype: tabascochang,感激不盡! 如果我PO錯地方麻煩告訴我,我會字D謝謝你。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.121.198.12

01/13 13:32, , 1F
距離正解.pdb裡面有原子座標,有座標就可算距離(高中數學)
01/13 13:32, 1F
文章代碼(AID): #19QvSE8T (Biology)
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