[問題] cloning

看板Biotech (生命科學)作者 (新世紀音樂)時間19年前 (2006/11/01 10:22), 編輯推噓5(501)
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想請教各位一些經驗, 最近學姐叫我做一個cloning.. 而她希望得到high fidelity...因此我們使用PFU進行PCR... 試了一些條件, 跑膠的結果得到大小類似的band... 但確定有東西,但是估計濃度不高, 因此如果說跑膠切膠再純化, 大概就回收不了太多DNA, 因此改變策略, 先將cDNA用較不理想的primer約略取到我們要的部分, 然後再用比較理想的primer進一步target... 之所以不直接用後者是因為直接用的結果無產物(有點奇怪) 好,現在二次PCR後跑膠, 同樣根據size..估計應為我們要的東西, 但是因為擔心進一步純化PCR會大量流失DNA, 因此PCR產物未進行純化, 而直接轉到vector(使用TOPO vector: pcDNA3.1D/V5-His-TOPO) 然後transform...利用Amp篩選~ 得到的菌落進行mini-prep... 然後測sequence... 但是卻很扯, 因為~六個sample... 得到的sequence類似~ 我可以順利找到我的primer sequence... 但是卻找不到我要的target sequence... 因為完全不知道我拿到的sequence是啥, 所以上NCBI blast... 結果出來的結果居然是vector...@@ 如果說transform進去的是空的vector也就算了~ 那我之前PCR出來弱弱的band跑到哪裡去了...-_-" 問了兩個實驗室,他們都說很詭異~ 想請問大家知不知道為什麼會這樣~ 到底我哪一步出錯了....> < -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 12.206.233.228

11/01 12:51, , 1F
我會建議用PFU+比較好的primer 多做幾次
11/01 12:51, 1F

11/01 12:51, , 2F
把總量先提高,然後PCR產物先濃縮再去跑膠回收...
11/01 12:51, 2F

11/01 15:42, , 3F
PCR cycle可以多一些,並且使用pfu,基因多大呢?
11/01 15:42, 3F

11/01 16:28, , 4F
pfu product拿去接TOPO,這樣要看到空的vector很容易
11/01 16:28, 4F

11/01 16:33, , 5F
不建議PCR cycle拉高,容易出錯,我要接clone都只跑20個cycle
11/01 16:33, 5F

11/01 20:22, , 6F
901 bp.這會影響嗎?
11/01 20:22, 6F
文章代碼(AID): #15I0JZTL (Biotech)
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