Re: [問題] primer design問題
看板Biotech (生命科學)作者Mouseking (叫我老鼠王....-_-)時間19年前 (2006/11/06 22:04)推噓1(1推 0噓 0→)留言1則, 1人參與討論串3/3 (看更多)
※ 引述《kaifish (喔.....................)》之銘言：
: ※ 引述《limiya (陳小咩)》之銘言：
: : 我想請問
: : 我利用一個軟體叫做Beacon_designer設計primer
: : 然後跑出一推primer candidate後再去blastn看是否這個primer會和其他的sequence
: : 我的問題是
: : 通常拿去blast的小片段primer sequence會blast到一堆其他的gene sequence
真的會有一堆嘛？你有沒有選定物種？還有正反股不在同一染色體上....抑或隔很遠
也是不必理會它........
: : 我blast了許久都找不到專一gene的primer
: : 請問有人可以提供你們在設計primer上的經驗或是方法嗎?
: : 謝謝~
: 提供一點小小的經驗給您參考
: 其實Blast出來的片段雖然很相似
: 但是可以看看〝完全一樣〞或是3'端相似的比例有多少
: 如果3'端一樣的比例很少，那麼設計出來的primer有時候還是可以使用的
: 另外，也許你可以去看一下那些完全一樣的序列
: 有時候不會以基因的名字表示
: 而是以當初做定序的clone編號命名
: 其實代表的是同一段基因
: 給您做個參考
: 如果有錯，也請大家指正，謝謝！
3'-端的幾個BASE確實很重要，我的經驗是挑至少看3個BASE挑有G或C的
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 210.58.54.177
推
11/07 11:57, , 1F
11/07 11:57, 1F
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