Re: [問題] 什麼時候用NMR什麼時候用X-ray解結構？

看板Biotech (生命科學)作者timbrian (perk yourself up)時間18年前 (2007/09/09 23:55)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《ronall (暱稱小公主的!扣十分先)》之銘言：稍微修飾一下文章會更完美 : 就我所知的說一夏 : 我是化學所的生化組 : 我做的是蛋白研究 : 理論上而言 : 我盡可能希望獲的蛋白的NMR圖譜 : 因為NMR適用於水溶液的環境 : 對於bio而言 : 這點是非常重要的關鍵 : 因為僅有在這樣的條件下 : 才能說是看見蛋白在生物體中的真實結構首先沒有一個很嚴謹的結構生物學家會那麼肯定說他所解出的結構就是生物體中的真實結構無論是 X-ray, NMR, EM 都是在in vitro 的條件且各有其嚴苛的條件下所做出的結構這些離生物環境都很遠做cell bio 或 biochem 的人也很少說他們做的就是為 in vivo的真實情況 : 而X-Ray : 在檢測前有個前提 : 就是必須養晶 : 無論是哪種蛋白 : 通常在養晶時必須加入一些重金屬作為晶核 : 或是與蛋白敖合形成晶種 : 即便有不加入重金屬而養晶的方式 : 都無法比NMR方式肯定的說 : 這是在生物體中較為真實的存在結構 : 但NMR檢測也是有缺點的 : 就是必須相較於X-Ray而言 : 必須要有相當程度的濃度才能檢測 X-ray 所須濃度與 NMR 所須濃度是 case by case 都不低難比誰高誰不高 : 而通常 : 我們盡可能使用N label (N同位素標定)的方式檢測 : 但是硬是要養出被同位素標記的蛋白通常都是不容易的 : 因為是屬於強迫性的方式供給菌種極為少量的養分 : 迫使菌種吸收同位素生產蛋白 : 因此產率通常都很低 : 此外 : 蛋白是種大型分子 : 因此通常低磁場的NMR圖譜是不能看的 : 在我的實驗室中 : 都是送到我學校的NMR 600MHz 貴儀中心進行2D NMR檢測 : (國內學校單位有這樣的機型的不多見) 國內 800MHz 就 NCHU 與 GRC 吧 : 而X-Ray在樣品的製作上是容易的許多 ......................... : 解析通常也不錯 : 但是唯一為人所詬病的就是 : 這樣的結構並不是存在於水溶液環境底下的 protein crystallization 並非是不含水的蛋白質晶體晶格中常含有 30~70% 水分子只是有些 PDB file 中省略掉了甚至可以說蛋白質結晶是固像的水溶液的沒有水的蛋白質結構不大可能是正確的 peptide 一定跟水有某方面的作用力是否為水溶液並非 X-ray 問題的核心真正有問題的當然有時蛋白質結晶在較嚴苛環境下 (如高鹽, 較極端 pH 質...等等) 結構可能與生理有些出入-----------* 但只要有結構仍有其參考度的存在此外常常有 map 不見的情況發生這些 map 不見的區域也常為蛋白質有其 function 重要的區塊當然 dynamic 狀態 information 不足也為其 X-ray 結晶學的重要缺點當然還有很多很多問題就不一一說明 *注 : 這句話也為一個伄詭既然沒人能說何為生理環境的真實面貌當然也只能以現有 data 為解釋 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 早期認為若把所有生物分子結構解出來生物學就到底了其實很多問題的開端正是等結構解出來了後才又蹦出一堆來生物分子的交互作用四級結構的變化 post-translational modification 條控等一堆都還要各領域的投入結構只是工具 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 還有即便是結構的 paper , 也不要全信 paper 內所提的所有論點雖說做結構的人會說眼見為評但同一個結構不同的解釋有時會差的天差地遠的光我們自己發表的結構內部就有不同的意見這些很多在文中都不會說的 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 219.68.74.112