Re: 切膠回收做PCR

看板Biotech (生命科學)作者 (颱風也喜歡放假)時間18年前 (2008/01/06 22:51), 編輯推噓5(5011)
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謝謝大家的回覆 因為我目前的問題在於說切膠回收後的產物無法再次PCR出來 而第一次PCR的產物跑膠是有major band的 只是將major band切膠回收後 再次PCR完後,跑膠卻跟L大的情形一樣 沒有band的出現 所以我想要知道的是否在回收的產物 再次進行PCR是否有什麼地方要特別注意的 ps..而s大所說的情形似乎跟我的有點不太一樣,所以那些因素應該都可以初步排除 ※ 引述《sGoat (無三小羚羊)》之銘言: : ※ 引述《reteporeh (颱風也喜歡放假)》之銘言: : : 想請問板上的各位 : : 有將PCR產物做膠回收然後再進行PCR嗎? : : 目前遇到的情形是 : : 膠回收完的產物再進行相同條件PCR時 : : 在跑膠確認時,沒有看到任何的band : : 重複做過幾次,情形依然 : : 想請問在做完膠回收後 : : 再進行PCR時 : : 有什麼條件特別要求的嗎? : : PS..膠回收是使用Kit做的 : sorry... : 我的意思是為什麼要在PCR完之後跑膠回收"再跑一次PCR"... : (膠體回收也要看的到產物在哪裡吧?純粹猜測位置再切膠回收要是沒產物不就做白工?) : 假使你的primer設計得夠專一的話... : 單純考慮擴增量不夠... : 將你的PCR產物稀釋50倍之後再以同一組primer進行PCR擴增... : (甚至是使用更專一的Nest primer擴增) : 就能將你第一次沒被放大到可見程度的產物再放大一次... : 一直持續到你所要的產物被放大到你要的量... : 假設是擴增要進行ligation的片段... : 那你的RE切位一定設計在primer上... : (此句修正,要外加切位才是在primer上) : 在沒有產物的情形下,為何不先考慮PCR是否成功? : 再假設你進行了PCR擴增ligation的片段... : 你得到了產物,你將產物以RE切過了 : 跑了膠回收完,你想要確認回收到的是不是你要的片段... : 因此以相同的primer又跑了PCR想說要是同樣的東西應該有東西會P出來... : 可是你的template上primer相對應的黏接位置已經被你用RE切掉了... : 那你怎麼能夠預期PCR能夠P出東西來呢? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.129.166.142

01/06 23:21, , 1F
不太懂為何要再PCR一次
01/06 23:21, 1F

01/07 08:05, , 2F
再跑沒band的話 可以將膠純化的DNA直接跑膠試試看 看是否
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01/07 08:07, , 3F
有純化成功 如果是PCR方面的問題 p的時候記得要另外加dNTP
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01/07 08:08, , 4F
也要記得做不同倍的dilute 以免跑出來都是smear
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01/07 11:29, , 5F
有沒有考慮過P出來的band不是你要的產物?
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01/07 18:57, , 6F
恩恩..有這樣想過..但是很奇怪的是回收再跑PCR就沒有
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01/07 18:58, , 7F
但是不回收將PCR產物取出一點點,再跑PCR就有band了= =
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01/07 19:00, , 8F
回N大,回收後跑膠是有band的,PCR也是有另外加dNTP的
01/07 19:00, 8F

01/07 21:47, , 9F
試試將回收的DNA跑膠看看有沒有回收成功,或是偷懶的測一下
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01/07 21:50, , 10F
DNA濃度,先看回收有無成功,若沒有成功,考慮DNA可能留在kit的
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01/07 21:52, , 11F
膜上,這時候考慮的是藥物PH值對不對,還有回收片段的大小
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01/07 21:53, , 12F
我之前用的回收kit有說大於2K以上的片段回收需要不同方法
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01/07 21:55, , 13F
至於詳細內容忘了=.= ,不知道你是不是在clone,因為我之前有
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01/07 21:57, , 14F
這種情形. 稀釋有出來回收沒出來,其中差別在你稀釋的裡面有
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01/07 21:59, , 15F
你第一次跑的原始template,回收則只有你挖的band,參考一下..
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01/07 22:04, , 16F
如果後續動作要定序,你錢滿多的話...定一根吧XD(可能會被殺)
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