Re: [求救] 請問新版的ensembl怎麼用阿~
Sorry 我的問題可能沒有描述的很清楚
之前在emsenbl找序列
他會列出每一個isoform的exon變化 (這個現在也還有)
然後 你可以點每一個isoform
就會出現那個一isoform的DNA序列
可能在exon的數目有變化 或是 轉錄起始位置改變
然後在這個頁面 有幾個選項可以選擇
1. UTR 要顯示多少序列 0~ 5000bp都可以
2. 底下所顯示的序列 在exon前後 要顯示多少bp的intron
可以由user任選
3. 也可以請他只秀出exon
但是這個序列是每一個exon分開的 跟cDNA的樣子不太一樣
另外在transcrip的部份
也可以有很多選擇
要不要標示胺基酸號碼 要不要顯示SNP 或是秀出cDNA序列就好
但是現在的網頁 就直接是all in one
以上都不能彈性選擇了
他一次給你全部
這樣 有很多壞處
如果我只要cDNA序列
我從網頁上copy下來之後
還要一個一個慢慢去掉底下胺基酸的符號
去掉很多有的沒有的~
然後在DNA序列方面
他也只秀出一種sequence
不知道是哪一個isoform的~
我對照paper上的一些東西
發現差異很大 一點都不知道這樣的東西要怎麼用~ !_!
而在NCBI也可以找到我要的序列
但是 我不知道哪裡是exon 哪裡是intron
請問各位前輩
除了這兩個網站之外
還有哪裡可以找到基因的序列阿~
我的英文不夠好 不然真想寫信去emsenbl抗議 !_!
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