Re: [求救] 雙質體的判斷
※ 引述《sonix (嘿嘿)》之銘言：
: 6.3 kbp (vector A)只會被XbaI和SacI切，5.9 kbp (vector B)只會被EcoRI切，
: EcoRI and XbaI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4246821059/
: EcoRI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4247595206/
: untreated or SacI digestion
: http://www.flickr.com/photos/28317645@N00/4247595278/
: DNA ladder 依序是 10,8,6,5,4,3, 2.5, 2, 1.5 kbp
就第一章圖與第二張圖做比較發現
其中似乎有個plasmid可被EcoRI切兩刀，一段約3kb、另一段約3.5kb
(第二章圖)
而且此plasmid又可被XbaI切一刀
(第二章圖與第一張圖疊合時發現3.5kb左右的片段變小，且下面多出一個小片段)
與你說的6.3 kbp (vector A)只會被XbaI和SacI切，5.9 kbp (vector B)只會被EcoRI切
不符
所以以下我做了些假設
一、A plasmid 可能藏有兩刀EcoRI，且其中一刀與XbaI距離約1kb
另外B plasmid只含有一刀EcoRI
在此條件下，圖一與圖二看起來是對的，但無法證明6kb左右是b plasmid
(有可能是A plasmid未切完)
圖三的圖中因為含有未切的supercoil form(難以判斷大小)，所以就不討論
但有可能有只切一刀SacI切大小約6kb的plasmid
二、A plasmid不含EcoRI，但B含有兩刀EcoRI與一刀XbaI
在此條件下，圖一與圖二看起來是對的，但無法證明6kb左右是A plasmid
(有可能是B未切完)
圖三的圖中因為含有未切的supercoil form(難以判斷大小)，所以就不討論
但有可能有只切一刀SacI切大小約6kb的plasmid
在這些狀況下建議圖一跟圖二都各加一組只含有A跟一組只含有B的對照組
若發現切EcoRI時A出現一段約3kb、另一段約3.5kb，而B只切一刀的狀況(符合假設一)
建議找看看有什麼方法可以將B切出兩段較小的片段且不與A混淆
若發現切EcoRI時B出現一段約3kb、另一段約3.5kb，而A只切一刀的狀況(符合假設二)
建議將編號1~6切SacI+XbaI，可確認是否有A存在
不然就是想辦法送定序確認了...
以上僅是我的推測，說不定會是錯的(畢竟我才剛進入生物這領域一年多而已...)
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