Re: [求救] 請問RNA去除genomic DNA的方法

看板Biotech (生命科學)作者chiehdis (chiehhime)時間14年前 (2011/09/28 22:32)推噓1(1推 0噓 5→)

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或許你可以搜尋我ID(小寫a + chiehdis) 看一下是不是類似的問題如果是的話相關回文可以看一下那篇作者很厲害幫助我很多~~ 另外基於如何去除gDNA又保持RNA不被降解~提供給你一些我查到的方法： <<DNase>> 我們家本來用Ambion Turbo ~ 方法是加入 enzyme 和 buffer 後 37度 incubate 30分鐘再加入inactivation reagent 4度五分鐘後離心取上清液但RNA濃度和品質受到不小影響~(我想可能是高溫的關係) (但也很可能是我自己操作的失誤因為有強者同方法依舊得到超好看的電泳和數據~) 改良方法 1.Fermentase 37度 10分鐘(縮短時間) 2.Roche 室溫(較低溫) 20分鐘(縮短時間) 缺點：但是以上兩者皆要過CI 步驟增加回收量就會少~!! 3.Ambion 以resin當成inactivation reagent (避免化學或熱傷害RNA) http://www.ambion.com/techlib/tn/114/10.html 有原理和比較詳細的說明~ 缺點：聽說奇貴無比!!!! <<Kit>> 1.Qiagen 的 column 缺點：較貴且無法操作很大量~~(對我來說~因為我要的量很多!!!) <<直接在抽取過程中去除DNA>> 1.TRIzol v.s RNAzol 這是我打去詢問一個RNA乾燥產品時 sales提供我的~ (可以跟她拿個3ml的sample試用~) 和粉紅色的TRIzol不同 RNAzol是清澈的藍色液體號稱是TRIzol系列第四代~~ 不用加CI 抽完RNA也不用去DNA 價錢是TRIzol的兩倍但是依我用來抽取真菌的RNA看來是沒有DNA汙染但Nanodrop的值很差~ 濃度純度 260/230(我用來看多醣汙染) 都比TRIzol低所以就被我丟到一邊了....... (聽說抽取另一種真菌和植物的quality也都不好...) 缺點：貴效果又不佳最後結果後來去找了TRIzol的protocol來看發現其實它本來就可以去除DNA了!!! 我有跑過非變性電泳~(抱歉手邊沒圖有空之後補!!) 大於1kb的地方都很乾淨~~ 其實TRIzol可以用來抽DNA DNA在分層的地方應該會被分到有機層所以在分層提取的時候如同之前文章版友的建議盡量不要吸取到蛋白層的部分犧牲多一點!!!!! 就可以避免掉DNA的污染了!!! 以上是我的經驗如有錯誤請多指教及海涵~ 也期望其他版友能提供建議!! 希望有幫助到你一起加油吧:) ※ 引述《cqw80000 (草履蟲)》之銘言： : 目前的狀況是這樣的,我們實驗室是用TRIzol抽取RNA. : 抽取的過程中也很順利,RNA跑完電泳後發現有genomic DNA殘留. : 但是因為要把RNA反轉錄成cDNA,所以目前是先取出要反轉錄的RNA的量出來. : 取出來後打算加入DNase I於37度C作用30分鐘後,再於65度C作用5分鐘使DNase I失活. : 我的問題就是在去除genomic DNA的過程中,不知道會不會使RNA降解? : 假如RNA會降解的話,請問前輩還有什麼方式可以去除已經萃取好的RNA中的genomic DNA. : 感謝! -- * * * * * * ~呀唷~!!你要帶我出去玩嘛??~ * * \○/* * * * ( □ ) * * * * <\ * -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.136.182.103