Re: [求救] MboII 限制酶切CYP1A2*2 SNP

看板Biotech (生命科學)作者blence ( )時間12年前 (2013/11/09 03:53)推噓1(1推 0噓 6→)

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1.CYP1A2 accession number? gene? mRNA? 請上NCBI查詢 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 2.CYP1A2*2 (63C>G)跟CYP1A2*1F (-164A>C) 用google就有了 *2是指exon2, 另一個則是ATG往前數，已經越來越少人用這樣的標示現在都直接取rs number來表示SNP位置像前者是rs56160784，後者是rs762551 也請直接上http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ 查詢相關資訊 3.你們使用的MboII應該可以看出廠牌不清楚可以參考NEB這家公司的網頁說明 https://www.neb.com/products/r0148-mboii 4.如果你方便查rs56160784，可以知道兩側的序列是5'-CCATCTT(C/G)TGCCT-3' 這樣應該可以判斷若MboII有作用，C allele是不是符合你們看到的結果了順帶一提，rs56160784的確沒有MAF資料，連1KGenome也沒有而rs762551的MAF則有0.4左右你們的樣本是有可能觀察到這個SNP存在 ※ 引述《tirecake (Allo le monde)》之銘言： : 各位科學家大家好 : 我們班上實驗課最近在測班上同學的CYP1A2是否有SNP "CYP1A2*2"(63C>G) : 做PCR夾出含有SNP片段之後用MboII切 : 查到MboII切 5'GAAGANNNNNNNN 3' : ^ : 3'CTTCTNNNNNNN 5' : 想請問 : 1) 那些N是什麼意思我以為限制酶要找對的序列切要很精準? N不管是啥都會切囉? : 2) 我們要找的SNP是C>G, 但63是從哪裡算起，畢竟我們primer夾出201base pair : 如果有突變成G 會切成122+79 : 跑膠之後發現大家都是G/G (homozygous突變!!) 各文獻顯示63C>G很罕見啊 : 怎會全班都突變哩 : 是不是我有誤解哪部分的資訊 : 我有想把primer序列打到NCBI去看夾出來的片段但是我還是不知道63是從哪裡算起 : 這片段裡也有可能有很多C : 1-不確定human CYP1A2 accession number : 2-我貼了整段CYP1A2序列(NCBI跟Primer3) 但我們用的primer卻夾不到片段??? : (後來primer3夾到了...但是不知道怎麼使用來檢查班上的突變?) : 3-其實我們同時有夾另一段有SNP CYP1A2*1F (-164A>C) 負的位置是指promoter嗎 : 我是不是要去找exon intron structure有幫助呢? : 還要請大家幫我找我查資料的方式錯在哪 : 謝謝你們 ※ 編輯: blence 來自: 180.218.152.101 (11/09 03:56)