[討論]如何分析miRNA microRNA array的data

看板Biotech (生命科學)作者 (apple)時間11年前 (2014/03/30 16:56), 編輯推噓5(504)
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老實說這個問題我不知道問出來會不會很奇怪,因此做好被嘲笑的心理準備來發這篇! 這個問題是我突然想到的! 我們在基因的microarray的時後譬如說我們跑兩組一組是控制組一組是實驗組,然比較 實驗組相較於控制組有變化的基因! 然後在基因的microarray我們可以分析說這全表現量的基因是跟哪幾條signal transduction 有關! 例如用 metacore or David 那在microRNA的研究上不知道有沒有類似的程式或是DATABASE可以做到這件事? 不好意思,麻煩幫小弟解惑一下! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 163.25.114.101 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1396169789.A.3D3.html

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就我印象好像沒看過有類似的東西,畢竟每個microRNA都可以hit
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到多個不同的pathway(甚至是相反功能的),在每個不同cell typ
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e的狀況也不同,和protein expression的狀況不太一樣
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那請問一下大家都是怎麼在茫茫ARRAY中挑到要study 的mi
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RNA
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從表現量或是有興趣的pathway開始
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GSEA
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我們找廠商跑的 可以直接要求廠商幫忙分類
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miRNA array->DE miRNA-> miRNA target gene -> GSEA
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文章代碼(AID): #1JDzmzFJ (Biotech)
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