Re: 質體

看板Biotech (生命科學)作者 (Yankee Hotel Foxtrot)時間4年前 (2020/08/25 06:14), 編輯推噓0(0014)
留言14則, 2人參與, 4年前最新討論串2/2 (看更多)

08/21 16:11,
PCR 用 high-fidelity DNA polymerase 便宜又幾乎不出
08/21 16:11

08/21 16:12,
錯,不像以前標榜 HF 還是錯一堆。
08/21 16:12

08/21 16:13,
可是在傳統 RE 法長大的教授和一些學生還是會覺得 PCR
08/21 16:13

08/21 16:13,
做的東西不定序不安心,而且 RE 還是比新一代的方法便
08/21 16:13

08/21 16:14,
宜很多(雖然要看用什麼RE),單純的把 insert 從A質體換
08/21 16:14

08/21 16:15,
到B質體也是RE比較安定。
08/21 16:15
我本身在美國的合成生物學中心唸博班 也有去英國的實驗室交換過 基本上這些實驗室每天就是不停地做cloning 以原po的問題來說通常會用Gibson Assembly 但是只要有用到PCR的部分 不管用的酵素多好都一定還是會定序 也因為如此Gibson Assembly往往只用在小規模的cloning 日常來說最主流的就是Golden Gate cloning (Type IIs RE + DNA ligase) 還有Gloden Gate衍生出的MoClo (modular cloning) 通常把insert做成part plasmid的時候會做定序 之後的組裝過程就不用再定序了 因為沒有用到PCR 這樣對要拼大一點的質體來說比較有效率 通常20kb以內都沒甚麼問題 頂多送Addgene保存之前會定序一次 有些實驗室會用Gateway cloning 原因也差不多 另外推薦一下Addgene的Plasmids 101 (有PDF版本) https://blog.addgene.org/plasmids-101-what-is-a-plasmid 可以對常用的cloning方法有初步的認識 通常新加入實驗室的成員我們都會請他們先瀏覽一遍 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 18.20.15.46 (美國) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1598307249.A.D0D.html

08/25 07:41, 4年前 , 1F
MIT嗎?我在陽明幾乎沒有其他實驗室一直有需要做clonin
08/25 07:41, 1F

08/25 07:41, 4年前 , 2F
g了。我其實沒做過gibson,倒是常用Type IIs,只是現在
08/25 07:41, 2F

08/25 07:42, 4年前 , 3F
Type IIs可以用的酵素還太少而且都偏貴,如果需要clone
08/25 07:42, 3F

08/25 07:43, 4年前 , 4F
的序列是 genome 上的或是 ORF,很常遇到撞酵素而難以
08/25 07:43, 4F

08/25 07:43, 4年前 , 5F
下手.....
08/25 07:43, 5F

08/25 07:44, 4年前 , 6F
而且 Type IIs 設計成模組化之後,萬一需要在兩個設計
08/25 07:44, 6F

08/25 07:44, 4年前 , 7F
好的模組中間再插進一個模組會很麻煩,NEB建議Type IIs
08/25 07:44, 7F

08/25 07:45, 4年前 , 8F
一次連接的片段不要超過6個,雖然我最多一次接8個還很
08/25 07:45, 8F

08/25 07:46, 4年前 , 9F
成功,但是這樣一來能安排的模組數量就會很有限。
08/25 07:46, 9F

08/25 09:49, 4年前 , 10F
沒錯!所以我們insert通常都是合成的 把切位移除同時
08/25 09:49, 10F

08/25 09:49, 4年前 , 11F
順便做codon optimization
08/25 09:49, 11F

08/25 09:52, 4年前 , 12F
要在中間加新模組的確是麻煩 要額外加工
08/25 09:52, 12F

08/25 09:54, 4年前 , 13F
模組數量的話我們是用MoClo一層一層疊上去 理論上兩三
08/25 09:54, 13F

08/25 09:54, 4年前 , 14F
個酵素就夠無限疊加了
08/25 09:54, 14F
文章代碼(AID): #1VH3knqD (Biotech)
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4年前, 08/19
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