Re: 請教目前大家對bioinformatics的看法

看板Bioindustry (生物科技)作者sherylcrow (鱸鰻阿德)時間19年前 (2005/06/30 00:15)推噓0(0推 0噓 0→)

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我不太清楚coyot前輩的意思,[還是相互參考而成的,若是參考而成拿"成"再反證當然有如老王賣瓜囉].不過我想你應該了解QPCR是什麼東西. 做分子實驗的,非常注重實驗的反證,就連microarray內部都會有control點,microarray 實驗是否成功,會由control來反應,QPCR內部也會有control gene.不論做什麼實驗都會有control,主要是來反證你data 的可信度. 現在microarray 的 paper,大多都會再做QPCR or northern blot,來證明array data 的可信度. 目前檢測肝癌,最具代表性的gene是AFP,但並不是每個得肝癌的病人會有表現. 但它卻在臨床檢驗上使用很久了. 犧牲...真抱歉我沒表達清楚,我指的犧牲不是病人,而是要有人去開發array 去犧牲,才會去改良. ※ 引述《nightcatman (夜貓)》之銘言： : ※ 引述《sherylcrow (鱸鰻阿德)》之銘言： : : 以我們lab做affymetrix human genomic u133 plus2為例, : : 我們做了十三片,一片近五萬元.... : : 有些做了 repeat,用統計計算片與片之間的相關系數R值至少有0.95以上. : 唔...好神... 新加坡的Limsoon Wong使用affy做血癌...就近三百片了史丹佛大學,做array是最有名了,光是肝癌就二百多片了 : 可以請問一下你在算R值的時候有算進一大堆低表現量的基因嗎? 我們有cutoff的標準,R值只是看Raw data的線性相關,事後還有做normalization. : 那可能就是高R值的來源... : 另外以u133 plus2而言 : 其穩定性仍舊是學術研究的等級 : 他的規格書裏也有寫明 : "For research use only. Not for use in diagnostic procedures." 嗯..是沒錯,你應該也有看到這段話. The GeneChip Human Genome Arrays provide gene expression data for a multitude of applications, including: · Uncovering new regulatory pathways · Validating drug targets · Clarifying diseases · Analyzing toxicological responses · Building robust databases : 就是因為臨床醫療上所要求的穩定性標準比學術研究要高得多 : 你最後說的"選出具代表性的基因"確實是重點 : 像u133 plus2這麼多點的array,相對上來講穩定性就比較低 (還好它是Oligo) affy設計probe有PM與MM,來計算點的可信度,以及intensity. : 那只是在研究初期亂槍打鳥用的呵....是沒錯...不過國外已經打了很多隻鳥了... : 如果可以透過一連串大規模的實驗 : 確實的針對某種疾病找到可靠的marker,並藉此縮減點數 : 穩定性就會提高許多 : 價格也才有可能cost down : Anyway, 如同我想表達的,這些都還只是未來的願景 : 做學術研究ok : 但在臨床醫療上還是保守一點的好目前學術到臨床是有段距離,嚴謹是一定要的. 目前政府某單位,正計劃將microarray運用在動物疾病檢驗上. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.59.159

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