Re: 請教目前大家對bioinformatics的看法

看板Bioindustry (生物科技)作者sherylcrow (鱸鰻阿德)時間19年前 (2005/07/01 01:28)推噓3(3推 0噓 14→)

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你用現實生活去推理是沒問題,但是忘了回歸到biology. 這五十人,一定100%考上台清交.也就這五十人,是考上台清交的指標. 換句話說,這五十個genes是,得癌症(在此以肝癌為例)的指標.(得癌症=考上台清交or 考試). 再換句話說,也就是得肝癌的病人,一定會有這五十個genes的表現. 你把這五十人稱做精英班,我把這五十個genes稱做biomarker. 那你就用這五十個genes去設計microarray就好了,去檢驗是否得肝癌. 準確度正如你一開始假設一定考上台清交(一定得肝癌). 至於以後若發現也一定能考上台清交的人,那你的精英班,就會從50升至51,52.....人那我的biomarker也會變多....microarray點也會變多.準確度也一樣如你假設(一定考上台清交). [考上是精英班的貢獻嗎?]這句話你是想表達:(得肝癌是biomarker的因素嗎?)? 假若你想表達是這意思的話?.假若[考上是精英班的貢獻]受到懷疑?那之前發表paper 的科學家會被人家[打搶]. DNA transcription mRNA,mRNA translation protein. 現今的microarray大多檢測mRNA,mRNA沒有表現那來的protein.除非Ribosome不需要 mRNA就能生出protein. antibody array,目前還未能點很多protein在上面,目前大約可點近一萬個protein. 因protein結構不穩定,容易裂解,有些protein易受溫度,PH值....等影響.所以還不能測太多.不過未來這是一個趨勢,也有些實驗室開始用Lab on a chip在開發antibody array以解決分子上的問題.以後也可能會成為檢驗的新工具之一. 目前己經知道得癌症,並非只是單一基因調控所引起的,而是由一群相關基因所調控的. 傳統檢測肝癌指標afp,就是以單一基因所表現出的protein做檢測,來斷定你是否得肝癌,但並非所有得肝癌的人,都會表現afp,這就是傳統檢測上的誤差. 而microarray一次看多個基因,假若找到一群biomarker的基因,更能提高檢驗的可信度 .而不是由單一基因(afp)決定是否得肝癌. ※ 引述《coyot (coyot+e)》之銘言： : 大學指考開始了我舉補習班當例子 : 如果一個補習班有2萬5千名考生(25000個基因) : 經過一堆模擬考後補習班為了賺錢再推出精英班 : 說只要模擬考總平均在前50名的可再幾萬元進精英班拼1個月保證考取台清交 : 考試結果果然這50名都進台清交.. 補習班就大幅宣傳"精英班之優點" : 我只聽過課不像sherylcrow或其他2位對microarray有專業知識 : 但我想到的是以前碩士班訓練之下給我的邏輯推理關係 : 精英班這50名如何產生的? 參考之前幾次模擬考成績 : 所以你再給他們模擬考甚至於大學指考他們依舊是優秀 : (array上要檢測那些基因是依據已發表的眾多papers之研究結果 : 你再用任何方法去研究這些基因都還是會跟所指出的癌症疾病有關) : 然而"要精英班才會考上台清交嗎? 考上是精英班的貢獻嗎?" : 上面2問題在邏輯推理上都是有問題的 : 考上台清交的也有一直表現平平沒能進精英班但最後靠自己而獲勝的 : 同樣的目前還沒有被發現的基因作用也許亦會影響某癌症或其他疾病 : 這些基因在目前是沒有papers去證實他但沒有人敢拍胸脯說不存在 : 所以拿array的檢測結果只能說以目前科技檢測下此受檢者是否有某癌症 : 但在未知知識下無法100%說受檢者有沒帶有某尚未被發現或證實致癌基因 : 或某個尚未被發現或證實的致癌基因是否已經在表現 : 目前許多癌症生化檢測靠的是蛋白在基因層次還只是學術研究離臨床還有距離 : 所以目前有蛋白質晶片的熱門興起 : 以上我是站在若某一天我成了受檢者我所疑慮的 : 我目前寧可用傳統生化檢測還比較可靠 : array data 說有癌症只是烏龍算是還好頂多受驚了 : 但若說沒癌症但其實是有而沒檢測出來那將會是一條生命的誤診 : 在統計歸納上也許將來array能分析到80%的可信度 : 但也表示有20%的誤診這對關係到生命的檢測而言是需要去改善的 : 而20%誤診中卻可能包含了一些未知的基因機制(未選入精英班的學生) : 這部份是最大盲點且無法由目前的microarray領域去改善它 : 只能消極等待學界對癌症的更深入了解 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.59.159

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