Re: 請教目前大家對bioinformatics的看法

看板Bioindustry (生物科技)作者mcasp (stanley)時間19年前 (2005/07/01 11:08)推噓1(1推 0噓 4→)

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※ 引述《coyot (coyot+e)》之銘言： : 大學指考開始了我舉補習班當例子 : 如果一個補習班有2萬5千名考生(25000個基因) : 經過一堆模擬考後補習班為了賺錢再推出精英班 : 說只要模擬考總平均在前50名的可再幾萬元進精英班拼1個月保證考取台清交 : 考試結果果然這50名都進台清交.. 補習班就大幅宣傳"精英班之優點" : 我只聽過課不像sherylcrow或其他2位對microarray有專業知識 : 但我想到的是以前碩士班訓練之下給我的邏輯推理關係 : 精英班這50名如何產生的? 參考之前幾次模擬考成績如果您有看過這兩篇得到的結論是前50 100 名，不同的平台 (最常用那三個) 可能重複的是很少的 Nature 2004 oct 22 getting the noise of gene arrays also in NAR 2003 p5676 : 所以你再給他們模擬考甚至於大學指考他們依舊是優秀 : (array上要檢測那些基因是依據已發表的眾多papers之研究結果 : 你再用任何方法去研究這些基因都還是會跟所指出的癌症疾病有關) : 然而"要精英班才會考上台清交嗎? 考上是精英班的貢獻嗎?" : 上面2問題在邏輯推理上都是有問題的 : 考上台清交的也有一直表現平平沒能進精英班但最後靠自己而獲勝的 : 同樣的目前還沒有被發現的基因作用也許亦會影響某癌症或其他疾病 : 這些基因在目前是沒有papers去證實他但沒有人敢拍胸脯說不存在 : 所以拿array的檢測結果只能說以目前科技檢測下此受檢者是否有某癌症現在可能不是要診斷得癌與否，而要是去分出的癌的人，預後好壞，以您舉的例子，就是同樣考上台清交，這些人，如何在去分出好壞。 (因為array detect mRNA大都是來自tissue, 表示病理診斷大多沒問題了，不過，更複雜的說，有些診斷疑慮的case是有幾種情況，比如SBRCT (small blue round cell tumor), CUP (carcinoma of unknow primary) 同樣的如果您的目的是要去screen cancer ，倒是可以朝serum proteomics 去考慮 (表示抽血就好，不用侵襲性的檢查，舉例，)。我們自己用SELDI-TOF proteomics 在某些婦女的cancer 我們帳面上，寫papaer 時可以做到看起來可以90-95%的準確率甚至有人大玩machine learing 可以在一些cancer (prostate, colon) 都上到95 % --100% : 但在未知知識下無法100%說受檢者有沒帶有某尚未被發現或證實致癌基因 : 或某個尚未被發現或證實的致癌基因是否已經在表現 : 目前許多癌症生化檢測靠的是蛋白在基因層次還只是學術研究離臨床還有距離 : 所以目前有蛋白質晶片的熱門興起 : 以上我是站在若某一天我成了受檢者我所疑慮的 : 我目前寧可用傳統生化檢測還比較可靠建議您看看現行的tumor marker 好不好用，再考慮這句話 : array data 說有癌症只是烏龍算是還好頂多受驚了 : 但若說沒癌症但其實是有而沒檢測出來那將會是一條生命的誤診之前強調過不是要診斷得癌與否，而要是去分出得癌的人，預後好壞，況且，診斷不是這樣三言兩語就決定了，一般都是住院至少兩、三天到一個禮拜， : 在統計歸納上也許將來array能分析到80%的可信度 : 但也表示有20%的誤診這對關係到生命的檢測而言是需要去改善的 : 而20%誤診中卻可能包含了一些未知的基因機制(未選入精英班的學生) : 這部份是最大盲點且無法由目前的microarray領域去改善它 : 只能消極等待學界對癌症的更深入了解 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 220.137.81.122

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