Re: [問題] 噬菌體呈現技術

看板Biology (生物學)作者vixen (科羅拉多的豪邁)時間17年前 (2008/09/25 00:02)推噓2(2推 0噓 1→)

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※ 引述《what15 (這是什麼世界!!米蟲~~)》之銘言： : ※ 引述《what15 (這是什麼世界!!米蟲~~)》之銘言： : : 【問題】： : : 最近小妹做的實驗數據出來，將噬菌體呈現技術所得的外源基因轉成胺基酸序列之後， : : 上mimox網站做比對後卻看不太懂結果所表達的含意，對於網站上的操作說明又看不太懂 : : 想請問是否也有人用過mimox這個程式，可以替我解釋一下使用方法與結果的意義何在嗎? : : 謝謝~~~^^ : : 以下為mimox網站的網址 : : http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~hjian/mimox/ : 假如說我輸入的數據是 : >mimoseq1 : LPLHYTLEKTQP : >mimoseq2 : FHLEVRNESQSP : >mimoseq3 : YHNERPTPESRP : >mimoseq4 : SPRSTDSNLPWT : 想請教的問題是 : (1)按了"run"之後跑出 : mimoseq1 LPLHYTLEKTQP-- 12 : mimoseq2 FHLEVRNESQSP-- 12 : mimoseq3 YHNERPTPESRP-- 12 : mimoseq4 --SPRSTDSNLPWT 12 : 其字母的顏色有什麼代表性嗎?? 很多alignment的著色都是這樣, 以不同的胺基酸化學特性個別著色, 比方疏水性的L跟V都紅色, N跟Q同色....這個生化應該有教過, 有時可以用這個大略猜二級結構或者片段所處環境. : (2)接著按"Calculate Consensus Sequence"跑出來的表格是怎麼得來的 : 這與他推論出來的consensus sequence: XHLER[ST]TES[STNQ]XP-- : 又有什麼關聯性???? : (3)最後按了"Running JalView to view and ..." : 那些柱狀圖又是代表了什麼?? : 我知道問題有點多^^"，不過誠摯地希望有人能為小妹解釋一下 : 感謝^^.... 你要看說明書 http://web.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~hjian/mimox/help.html#mimosa 0.3 Deriving consensus sequence from alignment We use a simple statistical method to derive the consensus sequence from a set of aligned mimotopes. Briefly, the program counts the appearance of each amino acids at each position, calculate the percent frequency. If the frequency is above a threshold, the corresponding residue is considered as a motif residue at that position. The frequency threshold is 25% by default. The motif residues are connected ( if no motif residue is found at a given position, then X is used) to be the "consensus sequence". For example: CXX[LR][PR]TNXTTLRRC. If two or more motif residues are found at given position, they are put into [ ]. A 3D bar figure is also created accordingly. The Z axis represents the position of the aligned sequences. Now, you can map the whole or a segment of mimotope consensus sequence back to corresponding PDB structure. Tips: check the result table carefully. Revise the consensus sequence manually if necessary. For example, you can group ILV, DE, RK, QN, ST and re-evaluate the motif residue at each position. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 76.25.201.178