Re: [問題] recombinase 重組酶 DNA inversion

看板Biology (生物學)作者snark (影燕)時間9年前 (2016/05/01 22:01)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《coolboychiu ()》之銘言： : 【問題】： : 我們知道有些重組酶像phiC31可以產生不可逆的DNA翻轉，圖示如下 : attP >^^^^^^^^> attB (>^^^^^^^^> 表示一段被attP和attB夾住的DNA序列) : | : | : V : attR <vvvvvvvv< attL (v 代表 ^ 反轉後的樣子) : 如果現在DNA上有多組相同的attP-attB pairs，如下圖 : attP_1 >^^^^seq 1^^^^> attB_1 ~~~~~~~~ attP_2 >^^^^seq 2^^^^> attB_2 : (~~~~~~~~代表中間不重要的DNA序列可長可短) : 我在想這樣的結構應該attP_1和attB_2夾住的整個DNA序列也有機會整個被翻轉 : 我想請問各位的是： : seq 1和seq 2個別被翻轉的機會會遠比整個序列一起被翻轉大得多嗎？ : 【問題起因】： : 研究上碰到的 : 但我本身其實是念電子老闆有興趣我就被叫來做相關研究了 : 我已經查了一整天資料但毫無所獲到現在都還沒睡覺QQQQ : 所以才想上來請問大家 : 如果有參考資料方便的話麻煩各位在提供給小弟了 : 沒有也沒關係 : 先謝謝大家了我想你們應該是要做這個 http://2013.igem.org/Team:INSA_Toulouse/contenu/project/biological_construction/logic_gates 1. 請問會產生不可逆翻轉的recombinase (Ser-recombinase)的種類多嗎？ : 我查到的大部分都是PhiC31或Bxb1？請問還有很多種這樣的重組酶嗎？是得有很多種重組第一是有很多種酵素第二是同意種酵素可以對於多種序列進行重組 https://en.wikipedia.org/wiki/Site-specific_recombinase_technology 這裡有整理舉個例子Cre-Lox recombination 這個系統中Cre recombinase 是酵素其標的序列是Lox P (locus of X-over P1) 原本指的是 bacteriophage P1 中的一段34鹼基對的序列原始的序列是這樣 13bp 8bp 13bp ATAACTTCGTATA - NNNTANNN -TATACGAAGTTAT 其中可以看到NNN 是可以替換的意思已經有很多研究顯示不同的NNN組合有些可以被獨立辨認有些會同時被辨認請看wiki Example Alternate LoxP Sites 典型的loxP site ATAACTTCGTATA-GCATACAT-TATACGAAGTTAT 在實驗上如果一個質體上還有另一種lox site Lox 2272 ATAACTTCGTATA AaGTATcC TATACGAAGTTAT 則這兩種序列之間無法重組雖然使用同樣的酵素Cre 但是只有loxP site 和 loxP site 或者 Lox 2272 和 Lox 2272 之間可以重組還言之Cre 兩個 13bp 回紋序列中間的8 bp 決定了重組的專一性 (但是還是要提醒並非8bp要完全一樣才可重組左右13bp 也是有影響) http://bmcbiotechnol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1472-6750-10-29 可以用這種原理製造出鎖定的效果也就是一旦重組之後幾乎不翻轉回去 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC137435/figure/gnf089f1/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC275577/figure/gng140f1/ --------------------------------------------- 回到主題想要做成logic gate 在表現 phiC31 integrase 的時候希望序列上有多組反轉的序列則可以參考這篇文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3216622/ 但是可以翻轉 ---->>>>----- 成為 -------<<<<------ 這之後-----<<<<----- 也有可能翻轉回去---->>>>----- 對於資訊的儲存來說增加了不確定性要更進一步的設計例如酵素表現時間的控制 2. 請問您提到的loop-out是甚麼意思呢？ http://2012.igem.org/File:Syn_MR_Inversion_Deletion.png

注意圖上大多會用箭頭表示序列的方向性箭頭的形狀大多表示不同類型的重組系統箭頭的顏色大多代表同樣重組系統中不同序列的種類箭頭的方向則決定這之間的序列是要被剃除還是要反轉所以說一定要注意方向 Loop out 就式途中所畫的中間變成一圈配對和重組之後被踢出去 http://blog.addgene.org/plasmids-101-cre-lox 因為方向還有兩個目標序列是在同一段DNA或者不同的DNA 通常有三種結果 Inversion Deletion Translocation -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 156.111.111.84 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biology/M.1462111279.A.471.html