Re: 質譜在蛋白質結構研究上之應用

看板Biotech (生命科學)作者Lipaty (月餅不要吃太多)時間20年前 (2004/10/12 14:11)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《littlesky (littlesky)》之銘言： : 而好在目前的情況還較少發生 : 而科學家曾經直接將 substrate 直接加入晶體中 : 發現在蛋白質在結晶狀態下仍有作用 : 這代表其 function 不受影響其結構也就有其意義存在針對這一點請問上述將substrate加到晶體之中是所謂的co-crystalization嗎? 以我所見過的共結晶的時候加入的是substrate的homolog 而非可以被protein來process的真正的subatrate 而加入substrate應該無法做出co-crystal 不知道是不是進幾年有新的技術可以克服這個困難又或者上述共結晶可以形成是特例? : : 2. MS strategy 裡面, 可以知道 aa 的相對位置..但距離怎麼算? : : 又用不同 chemical ragent 處理會不會改變構型? : 1. 目前有各式各樣長度的 chemical reagent 如 10 A ~ 25 A 等等 : 如果你能夠被長度 10 A 結合到代表你這兩個胺基酸空間上相對位置在 10 A : 以下關於這一點有一個類似的問題想跟版友討論一下許多研究protein-protein interaction的實驗或是尋找receptor的實驗都會用cross-linker試圖將會發生interaction的proteins以共價連結這個實驗法的概念和上述是類似的但是有一個問題: 微觀而言溶液中的各種分子具有一定程度的碰撞機率那麼如何排除原本距離在較遠的兩個protein(距離 > cross-linker的長度) 因為單純的碰撞而被連在一起? 這樣情形的發生會讓實驗的結果出現artifact 但是這個實驗方法卻是通行多年再者分子本身就有vibration的現象難道沒有可能因為vibration的關係而將原本距離超過cross-linker的兩個 residue相連結? 我要強調上述的vibration的程度仍在容許結晶可以發生的限度以內如此一來以MS解結晶的可信度會降低許多 : : 3. 有人說總有一天 protein structure 可以用電腦完全模擬出來 : : 也就是說 protein folding 確實有一套依循的原理存在 : : 只要找到這個公式就可解決問題, 你的想法? : 不可能.. 生化課本都有講到 : 不是所有的生物分子都在其最低的能量狀態下 : 就以蛋白質而言為何很多 E.coli expression 的重組蛋白 : 會以inclusion body 的狀態下存在 ? : 很多蛋白質分子在表現的時候會需要其他蛋白質的幫助如chaperon : 這些會改變其蛋白質在表現上的速率是以熱力學平衡得方式或是以動力學 : 平衡的方式到達其生理結構 : 你如何去預測是否蛋白質表現時有其他蛋白質的參與? 影響其構型 : 再者即便是如prion 這等小的 peptide 在其某個位置上加上一個糖分子 : 其構型就有極大的不同 : Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 12633 - 12638. : “ One O-linked sugar can affect the a-to-b structural transition of the : prion peptide. ” : 更何況有很多蛋白質都具有 post modification 存在 : 有些更會在蛋白質外圍加上各式的醣 (甚至到數十個醣) : 你如何從電腦上預測他會加上幾個醣加醣的形式為何? : (我知道有預測蛋白質加醣位置的軟體所以我的問題更前進一步) : 如果這些無法解決 (這些也算是protein 之間的 interaction) : 要說直接從序列上準確預測簡直是癡人說夢我覺得你說的沒有錯但是要修改成"以目前對蛋白質的了解" 要預測是不可能的以你所舉的glycosylation為例科學界尚未找出規則當然無法預測但是一旦所有和蛋白質folding相關的規則能夠有50%被科學界了解那麼屆時預測蛋白結構的結果其可信度就能"令人接受" 在此強調任何科學的研究其結果的好與壞對人們來說都只是"有多可信"的問題因為哲學告訴我們 reality只是一個概念他存在但是無法被描述預測蛋白這件事情也是一樣的原po問的問題應該改成 "什麼時候預測蛋白的結構,其結果才足以被採信" 而您的回答我認為就目前而言是對的但是等到我們知道的越多答案也可能改變當然科學不會知道 100%有多少所以也不知道要到什麼時候我們的所知才能超過50% 以上 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.223.58.157 ※ 編輯: Lipaty 來自: 61.223.58.157 (10/12 22:36)