Re: 質譜在蛋白質結構研究上之應用

看板Biotech (生命科學)作者Lipaty (月餅不要吃太多)時間20年前 (2004/10/13 00:19)推噓4(4推 0噓 0→)

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※ 引述《littlesky (littlesky)》之銘言： : 而酵素在催化的情況下可以推測蛋白質正在不停的 "動態" 狀態下 : 以 A + B + ATP --> C + ADP 而言 : 如果反應機制為 A + ATP --> A*Pi + ADP + B --> C + ADP 而言 : 在共結晶的時候就不會建議加入 (A+B+ATP), or (A + ATP) 當co-crystal的條件 : 可嘗試 (B + ATP) (A + B) , (A + B), or 單獨加 A, B ,ATP : 加入 substrate 如果沒有發生反應時很多會認為會穩定 active site 的結構 : 有助於結晶 : 但如果你加入的是其會讓 active site 作用的 : 則會使 active site 動態增加而不利結晶 : 這個說法比較能使我說服 : 光已加入substrate 不適合結晶而加入 homolog 適合結晶, (而不深入探討) : 在道理上說不大過去我知道你的意思不過以ATPase為例就有加入AMP-PnP來做的結晶 homolog本身不會被cleavage 所以只有binding 而沒有所謂動態的行為此時active site的結構是穩定的結晶可以形成我認為這個是對的敘述另外請問在你的說明當中 ATP並非是B的substrate 那如何能達到穩定蛋白結構的作用也許的確有蛋白如此成功的結晶過但是道理上說不過去希望能多點討論(po版沒關係吧版大) : yes 這些都有可能性 : 但或然率不應該會太高 : 第一個問題 : 事實上相同的 complain 也會發生在 yeast two hybrid 上 : 同樣的 : 這些未來都可以在mapping的時候再作refine (這些是實驗細節不多談) : 碰撞機率而言以一個比喻 : 你覺得地球跟人造衛星 (比喻 protein 內部胺基酸與胺基酸與linker 碰撞機率) : 與地球與月球 (比喻兩個互有interaction 的蛋白質) : 與地球跟冥王星的碰撞機率 (比喻在相同胞器中卻沒太大相關的蛋白質) : 與地球跟處女座星雲的的某顆星碰撞機率而言.. : 你會覺得我的比喻太誇張如果請你以整個宇宙來看 (地球雖沒跟處女座星球碰 : 但以整個宇宙來看這也是發生的) : 其實跟我們看我們蛋白質 cross linker 分子間的距離對比其實不見的會太誇張的我想你的比喻並不適當仔細想想就知道了細胞質是會流動的而且細胞內部並非如你所比喻的是空盪盪的一片有理論生化學家將目前以知的細胞內各種成分包括蛋白質核酸各種chemical 理論計算他們的體積並試圖模擬出細胞內部的樣子得到的結果是: 細胞內是非常擁擠的擁擠的程度可以比喻成一個蛋白質要靠simple diffusion從細胞的一端diffuse到另一端幾乎不可能達到而需要細胞內的運輸系統來達成在這麼擁擠的環境下分子間碰撞的機率絕非是您所比喻的宇宙 -- 夜凝視你的眼妳微笑著逃開害我也想逃了 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.223.58.157 ※ 編輯: Lipaty 來自: 61.223.58.157 (10/13 00:57)