[問題] 有關 DNA microarray
To identify the genes controlled by ursolic acid, E. coli K-12 ATCC
25404 was grown in LB medium overnight, diluted 1:100 in fresh LB
supplemented with 0, 10, or 30 ug of ursolic acid/ml. The same amount
of ethanol was supplemented to eliminate solvent effects. The cultures
were grown to an OD600 of 0.9. The cells were centrifuged in a
microcentrifuge for 15 s at 20,000 x g in Mini-Bead Beater tubes
(Biospec, Bartlesville, Oklahoma) that were cooled to -80°C before
sampling. The cell pellets were flash frozen in a dry ice-ethanol
bath and stored at -80°C until RNA isolation.
問題一：為什麼添加乙醇可以消除溶劑效應啊？溶劑效應在這邊有什麼影響？
問題二：為什麼要先冷凍到-80度再進行離心啊？
先冷卻到-80度的用意是？是要弄破 cell 嗎？還是有別的用途？
離心前要解凍嗎？不解凍能分離嗎？
問題三：stored at -80°C until RNA isolation.
請問一下 這邊是什麼原理啊？為什麼一直給它冰著就可以分離 RNA 咧？
The total RNA was isolated by following the protocol of the
RNeasy Minikit (Qiagen), including an on-column DNase digestion
with RNase-free DNase I (Qiagen). OD260 was used to quantify
the RNA yield. 23S/16S rRNA values (measured by using a 2100
Bioanalyzer, Agilent Technologies, Palo Alto, CA) and OD260 and
OD280 values were used to check the purity and integrity of RNA
(RNeasy Mini handbook; Qiagen).
問題四：RNase-free DNase I 是指？沒有 RNase 的 or 沒有 RNase 活性的？
我想問的差不多等同於 RNase-free water 是指 "去除 RNase 的水"
還是說水被處理過所以 RNase 不會作用之類的
問題五：rRNA value 是什麼東西啊？是用來做什麼的？
是說用這三個方法(rRNA value、OD260、OD280)檢查RNA的純度和完整性嗎？
所以 rRNA value 主要是檢驗哪個？都有嗎？還是純度？還是完整性？
How it works？
我在網路上還有看到其他的 rRNA value (如28s) ，他們的差別在哪裡？
因為本身沒接觸過這些實驗，所以實在很多不懂的，希望各先位進能指點一下 謝謝～
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幸福很單純.........
所以只有單純的人才能夠擁有
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.7.59
※ 編輯: ejohn 來自: 140.112.7.59 (05/22 17:49)
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