Re: [問題] 有關 DNA microarray
自問自答一部份 XD (多謝好友提供的網頁)
http://www.ndhu.edu.tw/~life-science/exp/011.htm
※ 引述《ejohn (固執對我是種虐待)》之銘言：
: To identify the genes controlled by ursolic acid, E. coli K-12 ATCC
: 25404 was grown in LB medium overnight, diluted 1:100 in fresh LB
: supplemented with 0, 10, or 30 ug of ursolic acid/ml. The same amount
: of ethanol was supplemented to eliminate solvent effects. The cultures
: were grown to an OD600 of 0.9. The cells were centrifuged in a
: microcentrifuge for 15 s at 20,000 x g in Mini-Bead Beater tubes
: (Biospec, Bartlesville, Oklahoma) that were cooled to -80°C before
: sampling. The cell pellets were flash frozen in a dry ice-ethanol
: bath and stored at -80°C until RNA isolation.
: 問題一：為什麼添加乙醇可以消除溶劑效應啊？溶劑效應在這邊有什麼影響？
我只記得有機教過溶劑效應會影響反應速率
朋友說乙醇消除溶劑效應可能和奪水反應有關
我想知道 為什麼要特地消除溶劑效應呢？ (啊不就說會影響反應速率)
啊......我知道會影響速率啦 我的意思是......他是擔心什麼受影響？
ursolic acid活性嗎？medium的作用？或其他反應性質？
還是說ursolic acid會影響其他東西，所以要添加"等量"的乙醇？
: 問題二：為什麼要先冷凍到-80度再進行離心啊？
: 先冷卻到-80度的用意是？是要弄破 cell 嗎？還是有別的用途？
: 離心前要解凍嗎？不解凍能分離嗎？
所以說冷卻到 -80 度的目的是避免原來 cell 中的 RNase 作用
是故研磨過程中要在冷凍下進行......But......分離呢？
這邊用的是離心吧 使用微離心管
那要離心的時候 RNase 不是就有機會一展身手了嗎？
要怎麼避免啊？有誰用離心分離過 RNA 的？
可以說一下大概的操作步驟 & 如何避免降解嗎？
: 問題三：stored at -80°C until RNA isolation.
: 請問一下 這邊是什麼原理啊？為什麼一直給它冰著就可以分離 RNA 咧？
所以說這邊不是一直冰一直冰 RNA 就會分離 而是一直冰 冰到準備要拿來分離為止
我會錯意了 XD
: The total RNA was isolated by following the protocol of the
: RNeasy Minikit (Qiagen), including an on-column DNase digestion
: with RNase-free DNase I (Qiagen). OD260 was used to quantify
: the RNA yield. 23S/16S rRNA values (measured by using a 2100
: Bioanalyzer, Agilent Technologies, Palo Alto, CA) and OD260 and
: OD280 values were used to check the purity and integrity of RNA
: (RNeasy Mini handbook; Qiagen).
: 問題四：RNase-free DNase I 是指？沒有 RNase 的 or 沒有 RNase 活性的？
: 我想問的差不多等同於 RNase-free water 是指 "去除 RNase 的水"
: 還是說水被處理過所以 RNase 不會作用之類的
所以仔細處理是指......變的沒有 RNase 囉？還是去掉活性啊？
一般所謂 "仔細處理" 是怎麼做的？
: 問題五：rRNA value 是什麼東西啊？是用來做什麼的？
: 是說用這三個方法(rRNA value、OD260、OD280)檢查RNA的純度和完整性嗎？
: 所以 rRNA value 主要是檢驗哪個？都有嗎？還是純度？還是完整性？
: How it works？
: 我在網路上還有看到其他的 rRNA value (如28s) ，他們的差別在哪裡？
: 因為本身沒接觸過這些實驗，所以實在很多不懂的，希望各先位進能指點一下 謝謝～
--
幸福很單純.........
所以只有單純的人才能夠擁有
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.7.59
討論串 (同標題文章)
本文引述了以下文章的的內容：
完整討論串 (本文為第 2 之 2 篇)：
Biotech 近期熱門文章
PTT職涯區 即時熱門文章
