Re: [閒聊]中興生化所的那篇Cell
看個這個串 想了一個下午 還是來說說我的想法好了
有些人說為什麼對這篇文章特別嚴格 "是不是選擇性執法"
其實我覺得這是很正常的
這篇文章的確可以說是台灣科學研究的光榮 如今既然它受到質疑
大家當然會想搞清楚它的真偽 才好有理由為它辯護
反過來說 如果這裡面真的有學術不檢的行為
大家就不應該僅僅因為這是台灣的研究 僅僅因為攻擊它的是大陸方面 就盲目地袒護
但是我認為就目前而言 並不存在什麼決定性的證據
雜誌上的圖 PDF 上的圖 網站上的圖 一搬來說品質完全不能跟原始檔案比
就拿看來最清晰的網站截圖來說 也不過是 256 階的灰階 jpg
而且在從原始檔到刊登出來中間不知道經過多少轉檔翻拍
拿這種檔案來說什麼其實都不準
先就 guyspy 版友作的影像分析來說
guyspy 版友主要提出兩個疑點
一個是 是否在特定部位作過塗改 第二個則是是否有複製貼上
先說複製貼上的部分
關於外觀很像這一問題 前面也有版友提到 EMSA 的 band,
特別是 non specific 的部分本來就很像
至於 pixel pattern
其實那那種檔案來分析所謂的 pixel pattern 實在沒有什麼意義
這種類似的圖樣完全可能是在調整解析度與壓縮的過程中產生的
在來塗改的部分
guyspy 其實有一件事情說錯了
> 照片是否經過拼湊剪貼，只要使用對比調整，或是photoshop的色階調整，
> 就能清楚呈現。
> 因為被數位修除的像素點，會呈現255,255,255的完美白色
前面那段話嚴格來說沒什麼邏輯
因為經過"對比調整，或是photoshop的色階調整"任何點都可以是完美的白色
另外 這個檔案是 256 灰階 完美白色怎麼樣也不可能是"255,255,255"三個值
另外從頭到尾使用 GIF 不知是不是筆誤？ 這個檔案明明是 jpeg
當然我想 guyspy 的意思其實是
"在不段強化亮部的情況下
經過塗改的部分會在其他部分還保有一些雜訊的時候就先變成整塊的完美亮白色"
說真的修圖的技巧很多 塗改作假的技巧也很多（厄，我怎麼會知道？這...）
只有很拙劣的修圖才會真的弄出這種破綻
不過 雖然這一部分是 guyspy 版友的論點中我最有所批評的一部分
但他進行對比強化後的結果卻真的讓人很不自在
在 guyspy 的這張圖中 http://homepage.ntu.edu.tw/~d95b43002/fig1b-01.jpg
右下角那一張 最右邊兩個箭頭所指之處的色塊實在太過不自然
（事實上整張圖裡面還有好幾個那種不自然的淺色色塊）
mouseking 版友的回文以及 blence 版友在 PTT 的推文中提到的背景歸零
並不能解釋這種區域性的全白背景
當然 Jpeg 的破壞性壓縮本身就是會造成一些色塊的
但是我自己把 cell 網站提供的圖放大來看， jpeg 產生的色塊並不應該大到那種程度
不過因為自己對 photoshop 的科學性不太有信心 我又把那張圖放到 imageJ裡面
設定 threshold 來看看會怎樣
我發現雖然確實可以弄出很明顯的均勻方塊
但是要在 threshold 設到 247 （即 該相素的數值小於247就是黑 否則就是白）
的程度才會很明顯看出色塊的邊緣
我個人是認為 threshold 設到那種程度什麼事情都可能發生啦...
重要的是 這幾個疑似塗改區域與那些被指控複製貼上的區域不同
它們位在圖中 delta^A DNA lower and upper band 之間
這一位置的訊號是有意義的 並非如 mouseking 版友說的不是 key
整體而言我還是部認為目前有看到什麼決定性的證據
但是光就 fig1B 的色塊問題也夠讓人不舒服了
雖然說等其他實驗室重現此研究結果才是最關鍵的證據
但我認為面對質疑時提出原始資料也是一個科學研究者應有的負責態度
看到原始圖檔 或至少是提供給 reviewer 的版本 應該是足以服眾最好的方法了吧
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莫非定律:
到了期末才會想起期初曾選了一門課卻一直沒去上
補充定律:
拿到成績單才發現上了一學期的課忘了去考期末考
--
※ Origin: 生命科學 BBS <bbs.life.nthu.edu.tw>
◆ From: adsl-70-239-1-101.dsl.bcvloh.sbcglobal.net
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