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Re: [求救] 蛋白質3D結構

看板Biotech (生命科學)作者 (showpon)時間18年前 (2008/02/26 11:50), 編輯推噓3(3推 0噓 16→)
留言19則, 3人參與, 最新討論串4/4 (看更多)
※ 引述《McRay (西施就是愛的天使)》之銘言： : 這邊的complex是指protein-nucleotide or protein-protein 的複合體 : 還是指一個PDB file裡面許多組座標都是表示同一個蛋白或是複合體? 感謝lingon大、WilliamF大、McRay大熱情回答 我目前有去PDB跟NCBI找過 發現得到的結構資料都是類似這樣 THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESTROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO DNA: HOW RECEPTORS DISCRIMINATE BETWEEN THEIR RESPONSE ELEMENTS http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HCQ 它裡面或許有包含ESTROGEN RECEPTOR(ESR1)的結構資料 但是不見得完整 而且有的complex成員更複雜 更難用程式去判斷哪一部分是我要找的 假設我現在要找的是的完整的蛋白結構 感覺就比較難找到 也許認真找可以找到 不過我需要的是幾百個 甚至是全人類蛋白資料庫(Swiss-Prot)裡所有蛋白的完整結構 不知道這種資料 有沒有什麼方法可以取得? PS.真的很謝謝你們的回答 你們提到的工具 我也會試著去研究看看的 感謝!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.116.245.197
推
02/26 11:52, , 1F
到pdb的advanced search裡面去找找看
02/26 11:52, 1F
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02/26 11:53, , 2F
限定好你要的範疇 應該就可以找到
02/26 11:53, 2F
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02/26 11:54, , 3F
你要試著分析DNA RNA與PROTEIN命名的差別 就可以用程式去抓ꐠ
02/26 11:54, 3F
推
02/26 11:54, , 4F
我那辦法應該可以解決你的問題, 用一個structure當bait
02/26 11:54, 4F
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02/26 11:55, , 5F
然後下載所有有可能的pdb, 寫個script 找rmsd差距最小的
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02/26 11:56, , 6F
的structure從完整的pdb file 裡抓出來
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02/26 11:57, , 7F
mmtsb 就有現成的rmsd 程式
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02/26 11:58, , 8F
說起來, ncbi好像有structural blast, 你可以去看看
02/26 11:58, 8F
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02/26 12:10, , 9F
to McRay:以ESR1為例 就算我用advanced search
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02/26 12:12, , 10F
還是只能找到ESTROGEN RECEPTOR的LIGAND-BIND DOMAIN
02/26 12:12, 10F
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02/26 12:13, , 11F
而不是完整的ESR1結構 他只包含一部分而已
02/26 12:13, 11F
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02/26 12:14, , 12F
還是現有蛋白質結構資料 都是用這種方式儲存?
02/26 12:14, 12F
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02/26 12:16, , 13F
TO lingon:也是同樣的問題 因為我發現PDB裡面
02/26 12:16, 13F
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02/26 12:17, , 14F
似乎蛋白質結構資料 都只是Binding domain部分的資料
02/26 12:17, 14F
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02/26 12:18, , 15F
而不是完整的蛋白質結構 不知道我這樣有沒有說錯?
02/26 12:18, 15F
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02/26 12:19, , 16F
抱歉剛跨入此領域不久 可能問題會有點蠢 請見諒
02/26 12:19, 16F
推
02/26 22:26, , 17F
嘗試ncbi 的vast search, 用單一完整的ESR1 protein
02/26 22:26, 17F
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02/26 22:27, , 18F
來找尋其他完整的ESR1
02/26 22:27, 18F
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02/26 23:49, , 19F
大概有想法了 謝謝所有回答我的人! 這個板高手真多
02/26 23:49, 19F
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