Re: [求救]primer design之我是新手
※ 引述《childchen ( )》之銘言：
: ※ 引述《crystal0602 (好黑的心情)》之銘言：
: : 恕刪
: : 想請問大家.....何謂跨過junation, 為何這樣可以避免genome DNA的干擾?
: : 我自己設計primr是都會設計在不同exon上,但不太明白為什麼這樣就可以避免
: : genomic DNA的干擾?
: : 請問有人可以解惑嗎?? 謝謝
: 因為genomic DNA含有intron
: 而cDNA則沒有
: 設計跨junation的primer
: 理論上就不會夾到genomic DNA
我最近也在design qPCR primer
正在做E-cadherin的 因為我目前手上的都不太行
靈敏度都不夠高
我遇到的問題是 因為E-cadherin 是一個有接近900 amino acid的大蛋白質
光是exon就有17個 我目前的想法是以最接近3'end的兩個exon來設計primer
這兩個exon之間隔著3492 bps 的intron
所以不可能amplify到genomic DNA(太長)
而靠近3'也方便cDNA synthsis kit 生成cDNA
(雖然我用的KIT有polyT和random hexamer 但我想靠近3'end還是比較保險)
請問我這個想法合理嗎？
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