[求救] promoter cloning
最近clone出一個rat gene promoter(-1800~+154)
promoter的activity沒有顯著的差異
跟老闆討論後 希望能夠加長promoter的長度(約-3000bp左右)
但我找了一下rat genomic DNA
發現genomic DNA sequence有兩種:
NC_005102.2 Reference assembly (based on RGSC_v3.4)
AC_000071.1 Alternate assembly (Rn_Celera)
這兩種sequence只有從-1900開始的downstream是一致的
-1900開始的upstream的sequence有蠻大的差異
請問一下版友們有遇過這種狀況嗎?
我該怎麼辦?該相信哪一個?
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