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[轉錄][求救] MASCOT蛋白質身分鑑定參數設定?

看板BioMedInfo (生醫資訊)作者 (huggie)時間16年前 (2008/06/17 20:59), 編輯推噓1(1推 0噓 2→)
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※ [本文轉錄自 Biotech 看板] 作者: NightAmades (夜) 看板: Biotech 標題: [求救] MASCOT蛋白質身分鑑定參數設定? 時間: Tue Jun 17 18:20:48 2008 各位大大好! 我送蛋白質樣本打LC/MS/MS 而送樣回來的檔案經由網路版MASCOT搜尋資料庫 我的問題在於...有沒有一個參考數值提供與我 合理的(不會過於鬆也不會過於嚴謹)設定參數： 例如： peptide tol. MS/MS tol. Allow up to cleavages Error tolerant以及Decoy是否勾選!? 等等的參數設定! 之前有聽老師說在LC/MS/MS之下 peptide tol.可設1.5Da 或 300ppm以內 MS/MS tol. 可設0.6Da 但是不知道這依據為何!? 所以...以上希望知道的大大們可以解惑一下! 能的話希望能給在下參考設定參數數值的paper! 好讓我整個過程中有所依據....(總不能跟老闆說我聽網路上的人說XXXX ~"~) 感激不盡!!~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.127.160.142
推
06/17 20:59,
借/幫轉 BioMedInfo 板
06/17 20:59
-- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.129.160.62
推
06/18 00:45, , 1F
1.參數的設定通常都是依照經驗..
06/18 00:45, 1F
→
06/18 00:46, , 2F
2.有些期刊有規定你paper裡面用到的資料要符合哪些限制
06/18 00:46, 2F
→
06/18 00:46, , 3F
3.MASCOT的網站有簡易的說明參數的意義
06/18 00:46, 3F
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