Re: [轉錄][求救] MASCOT蛋白質身分鑑定參數設定?
送到TPP的原因是因為他免費嗎？@@"
我知道如果有兩種以上軟體的結果互相對照會比較準確，
但通常都不是免費的，
TPP這東西之前有看過介紹，似乎也是個要憑經驗的工具啊，
可以麻煩大概介紹一下流程或使用經驗嗎？
謝謝
※ 引述《NightAmades (夜)》之銘言：
: 43...
: : 第一 要看你用什麼機器(ms) 這很重要 因為每種機器的解析度 大不相同
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 這我了解，可是不知道怎樣的機器設定又是怎樣會較合理!?
: 例如中研院蛋白質體服務的機器，送樣回來是有建議設定的參數數值!
: 可是根據在中研院內的工作人員說...其實所建議的參數也只是針對
: 根據他們所跑的蛋白是經過純化且量多的情況而設定的!因此這顯然並不是
: 一個大家通用的好的參數設定!(個人認為啦~"~)
: : 會跟你要設定的tol有關係 當然ms1 tol and ms2 tol會不一樣? 這是合理的
: : 可參考http://www.matrixscience.com/help/search_field_help.html#TOL
: : 第二 不要選錯db 不然沒有意義
: : 第三 基本的ptm 要設好例如最基本的 C,M上面的修飾
: : 第四 只有看到mascot上面的結果是不夠的 建議將結果轉出來 送到
: : CPAS https://www.labkey.org/project/home/begin.view
: : TPP http://tools.proteomecenter.org/TPP.php
: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
: 不好意思太孤陋寡聞了~"~ 由於沒有用過這兩個，可否簡單解釋一下
: 這程式or軟體是用來做什麼的?什麼時候很需要用到它?若不是用它
: 而只是用下述所謂的Excel或人工自己分析...用word統整有何優缺點之處!?
: 而所謂的"整合"是指什麼 @"@??
: 感激不盡!^^
: : 去整合 可能會更方便
: : ps最近看到其他學校的學生還在用excel去做蛋白質體的分析 無言!!
: : 台灣人要加油了
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