Re: 怎樣判定genomic DNA是否complete digest
※ 引述《sktong.bbs@bbs.ntu.edu.tw (功夫)》之銘言：
: ==> Ramsey (柿子) 提到:
: > 我試過用EcoRI HindIII 或AatII
: > 來切genomic DNA
: > 切完跑電泳發現雖然有smear
: Smear 是因為genomic DNA容易被shear force扯斷
: restrictin enzyme digestion 應該是multiple bands
no.....genomic DNA用RE切完之後一定是smear.....不可能事multiple bands.....
因為整個genome裡面repeat sequence佔了大多數......基因佔了少數....
所以切出來一定是很雜的smear.....沒切之前跑出卡在上面的single band....
那是因為分子量太大....根本跑不太動....要去預測有沒有切完全....
你可以從定義來看....理論上....1U的定義是.....一個小時可以完全切除.....1 ug的
lamda genomic DNA上面的RE site....去查一下他的分子量我記得跟pUC18差不多.....
所以你看你的genome size大約是這個lamda DNA的幾倍...之後龜毛一點.....
你就去算機率....通常不這樣做....我的經驗來說.....你1ug的genomic DNA.....
取個5~10U不急的話....處理個三個小時....非常趕的話...一小時到兩小時就可以...
有些genome本身就比較缺乏某些RE的切位....又可能是因為某些酵素是....
methylation senstive....所以卡在上面還滿正常的....用MseI SauIIIAI DraI應該
可以滿下來的.....
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