Re: [求救] primer 設計

看板Biology (生物學)作者vixen (科羅拉多的豪邁)時間17年前 (2008/10/04 08:01)推噓1(1推 0噓 1→)

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※ 引述《water721 (水)》之銘言： : ※ [本文轉錄自 Biotech 看板] : 作者: water721 (水) 看板: Biotech : 標題: [求救] primer 設計 : 時間: Fri Oct 3 20:13:17 2008 : mutagenic primer design : 目標:將proline變成alanine或glycine並設計出一個切位用來確認 : TGTC ACC CCA GAG GAGC : ACAG TGG GGT CTC CTCG : --- --- --- : a.a T P E : 我是利用invitrogen NTI不斷更換三個codon最後面的鹼基 : 但是都沒有找到適合的切位只有很罕用的切位 : 想請教板上常設計primer的人幫幫忙 : alanine:GCA glycine:GGA : GCT GGT : GCC GGC : GCG GGG 工具不對, 不是你功力不足, 請愛用Webcutter的Find sites which may be introduced by silent mutagenesis 功能,還有,問這種問題不附上Vector資料很難回答 http://rna.lundberg.gu.se/cutter2/ 變成G: ValThrGlyGluGlu gtcaccggggaggag base pairs gtnacnggngargar 1 to 15 可切酵素切在第幾bp 辨識序列 AgeI 4 a/ccggt BpmI 10 ctggag BsaJI *5* c/cnngg BsaWI 4 w/ccggw Bse118I 4 r/ccggy BseDI *5* c/cnngg BsrFI 4 r/ccggy BssAI 4 r/ccggy Cfr10I 4 r/ccggy GsuI 10 ctggag PinAI 4 a/ccggt SgrAI 4 cr/ccggyg 變成A: ValThrAlaGluGlu gtcaccgctgaggagc base pairs gtnacngcngargar 1 to 15 BsaJI 5 c/cnngg BsaOI 8 cgry/cg BseDI 5 c/cnngg Bsh1285I 8 cgry/cg BsiEI 8 cgry/cg BstDSI 5 c/crygg BstMCI 8 cgry/cg BstSFI 5 c/tryag BstZI 5 c/ggccg Cfr42I 8 ccgc/gg CfrI 5 y/ggccr DsaI 5 c/crygg EaeI 5 y/ggccr EagI 5 c/ggccg EclXI 5 c/ggccg Eco52I 5 c/ggccg Eco57I 13 ctgaag KspI 8 ccgc/gg MspA1I *7* cmg/ckg NspBII *7* cmg/ckg PstI 9 ctgca/g PvuII 7 cag/ctg SacII 8 ccgc/gg SfcI 5 c/tryag Sfr303I 8 ccgc/gg SstII 8 ccgc/gg XmaIII 5 c/ggccg -- .*#*. .*#*. .*#*. .*#*. .*#*. .*#*. | | | * * | | | * | | | * * | | | * | | | * * | | | * | | | * * | | | * * | | | * * | | | * * | | | * * | | | * * | | | * | | | * * | | | * | | | * * | | | * | | | * `*#*' `*#*' `*#*' `*#*' `*#*' `*#*' -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 128.138.171.189