Re: [問題] 如何將蛋白質結合在一起

看板Biotech (生命科學)作者Bluecold (黑特版比就可版好笑)時間20年前 (2005/05/23 00:40)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《timbrian (perk yourself up)》之銘言： : ※ 引述《ROKEE.bbs@bbs.badcow.com.tw (死胖子超怕熱)》之銘言： : : 將domain A與fish的gene做fusion : : 將domain B與bait的gene做fusion : : 然後將domain A-fish的部分先做modofication : : 再將domain A-fish-M混在domain B-biat混和 : : 觀察有M和沒M的結果是否有差異...... : : 只是這樣透過一個中間物不知是否會對您的實驗需求有影響就是 : : 看起來像yeast two hybrid XDDDDD : : 不然就...利用chemical reagent做partial modification吧 : : 控制chemical的濃度、反應pH、buffer,etc... : : 印象中Cyanylation測disulfide bond的方式也是partial modification ^^" : : (最近千面人很熱阿...XDDDD) : 講仔細一點我們的構想 : 我們想研究一個蛋白質兩個 domain 的互相影響 : 目前這個蛋白質已經有結構 (X ray) : 我們想看這兩個 domain 在動態下的結構改變 : 尤其是看其兩個 domain 如何細微的藉由結構的改變而調控彼此 : 兩個 domain 分別為 15 kDa 與 30 kDa : 其中 15 KDa 的部份想用 N15 做 labelling : 而 30 kDa 的部分不沒有 labelling : 分別純化出來看能不能再結合為 full length protein : 再以 NMR HSQC 的方式只看其 15 kDa 的部份的結構改變 : 這個實驗設計為最大的盲點就在如何使兩個 domain 再結合回去 : 已知這兩個domain 中間有一個 linker 的部位 : 但是如何能專一性的將這兩個 domain 的 N端與 C端接在一起就是個大挑戰 : 因此 fusion 的辦法似乎是不可行 : 所以在想有沒有其他方式可以結合這兩者 : DNA 具有 DNA ligase 可以結合 DNA 的 3' 與 5' : 蛋白質好像就沒聽說過可以有 enzyme 結合 N 端與 C 端 : ubiquitin 結合的機制好像也不適用 : 化學 cross link 的方法會卡在蛋白質表面胺基酸的 side chain : 也會任意的鍵結在一起 : 有沒有知道其他方式可以做的阿 : 還是這本身就是個很難的題目?... 嗯那如果這樣呢把兩個蛋白質的C-ter與N-ter接上一小段nucleotide 然後再用DNA ligase接起來.... 不然就把23S rRNA的 aminoacyl-transferase活性拿出來用如果可以的話否則就分別分開兩個domain做labelling 然後用化學合成peptide的方式把兩個domain以一級結構的方式合成再篩選不然在兩個domian的C-ter與N-ter各接上DNA/RNA 以及DNA/RNA binding domain然後丟在一起好吧我承認我是來亂的可是這是我認真想出來的 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.85.146.21