Re: [求救] PCR問題以及plasmid濃度換算

看板Biotech (生命科學)作者patricksky (江伯)時間9年前 (2016/02/15 14:04)推噓0(0推 0噓 0→)

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※ 引述《Tsuyokunaru (小強)》之銘言： : 大家好　因為我不是生科相關科系的　但是因為實驗會牽涉到PCR PCR的目的之一是複製雙股DNA PCR的主角有兩個一個是primer，是小片段的單股DNA，通常是一對，每個通常15~25 base pair左右，用來認定你想複製的DNA區域，具有專一性另一個是當作template(模板)的DNA : 所以有些問題想請教...... : 我們一直都是用HBV當TEMPLATE (然後用自行設計的機構跑PCR) : 只是最近想複製長片段出現一些問題為什麼想要複製長片段? 實驗目的為何? 複製長片段的步驟是換了primer還是換了不同種DNA來源? 一般正常情況下，一組primer可以認定一種DNA區域，其複製出的長度大小固定同一種DNA當作template，要變換複製的DNA長度，要重新設計primer。 : 跑膠後結果是亮在低於100bp的位置@@ (primer是大於400的) : 不管是我們的機台還是傳統機台所以推測是我們DNA來源沒有那麼長? : 那是PRIMER DIMER嗎? 還有其他可能性嗎? : 然後請教相關科系學姊她說可以用plasmid當template 我覺得...這地方是不是把plasmid和HBV DNA搞混了... 一般高等生物都只有染色體DNA 而plasmid DNA有別於染色體DNA，可以自我複製，通常長度比較短，通常是環狀，多存在於細菌和酵母菌。 HBV的DNA是部分環狀結構的DNA，不是染色體DNA，也不是palsmid DNA 所有DNA都可以是template，但是primer所認定的DNA區域只有當初設計出來的人知道，並且一定要有留下primer的相關資料。 : 濃度是 0.1mg/ul : 這邊我有點不懂...... : 因為我們之前都是用例如 10^8 copies/ul 來標記濃度 : 那這樣我要怎麼轉換?? : 我查了一下鹼基對平均分子量660/mole : 我看到有外國類似知識+的論壇有這個回答 : https://goo.gl/K5VpxV : 可是 660 x 6 billion = 3.96 pico gram (pg) ??? : 不懂這是什麼意思？ : 所以還是想請問有人能淺顯易懂的解說一下嗎QQ 濃度轉換google就有了，不過這不是重點一般下的量是10-100 ng DNA or 1000-10000 copy DNA就PCR夠用了 : 然後更換成這個TEMPLATE後所以換了不同種DNA? : 我們的機台還是跑在低於100bp... 傳統就的確在正確位置了所以這指的是換了不同PCR機台? : 這樣是anealing extension 時間不夠?? 還是溫度不夠? 溫度太高? 程式跑一樣的情況下，不會換了機台就出問題，除非當初你設定的程式兩台不一樣... : 因為短primer是ok的...... 所以換了不同primer? : 然後還有一個蠢問題 : 查了一下plasmid 這好像是細菌或酵母菌之類才有的有別於染色體DNA，本身比較小，可以獨自自我複製的DNA，通常存在於細菌和酵母菌可以wiki查一下 https://en.wikipedia.org/wiki/Plasmid : 可是HBV 不是病毒嗎@@？ HBV是病毒，遺傳物質是DNA，但不屬於染色體DNA或plasmid DNA : 因為不是學生物的　　真的不是很懂這塊　　但是還是想要了解基本的 : 麻煩板友多多指教一下！！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.65.71.253 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1455516297.A.D65.html ※ 編輯: patricksky (203.65.71.253), 02/15/2016 14:07:44

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