Re: [問題] 請教一個關於intron loss的問題
※ 引述《WinnieDad (小熊維尼的天才老爹)》之銘言：
: 【問題】：已定序的intron loss event，可否僅是PCR時amplified到被轉譯的基因
: 片段，而非真正的lost intron
: 【問題起因】：小弟於研究中發現到幾個intron loss events並且得到該intron完全
: 切除的定序結果，為之興奮不已。但是有教授質疑此結果可能是我做
: PCR時複製到剛好已完成轉譯的片段。
: 【個人看法】：由於整個DNA extraction過程中都有小心做RNase處理，理論上應該
: 不會發生轉譯完成的mRNA存在又被RT成cDNA後在PCR時增幅。另外；
: 跑膠的結果也都只有單一條cDNA size的band而已，如果是教授所說
: 的情況發生，應該會看到原本的基因片段和無intron的片段兩條bands
: 同時存在。我用以上這兩點解釋時是蠻有信心的，可是教授一直在奸
: 笑，笑的我心發寒…
上文所有的轉譯，應稱為轉錄
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教授的問題有些是在故意考驗你
笑也可能是滿意的表現 未必要擔心太多
其實我覺得你結果已經相當可信
畢竟一般的 PCR 用的 taq（及其衍生型）根本不能放大 RNA 吧
當然 更直接的證據會是：
把其中一個primer 設計在你認為疑失了的 intron 上
作 PCR 證明該序列已經不存在（於原本的位置）
當然，要以 wildtype 作control 證明你的 primer pair / PCR 是有 work 的
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