Re: [問題] 偽基因
亂入一下討論基因剪接的機制，順便賺P幣
在不討論transposone之類等藉由特殊序列剔除DNA片段的情況下
已經有人提到DSBR剪除偽基因的可能性
包括是VDJ end-joining(NHEJ)或homologous recombination(HR)兩種
不過依照目前的研究並沒有證據顯示這兩種可以針對特定序列
因此要認定DSBR啟動偽基因的剪除
不如先探討那些DNA片段上是否隱藏特定endonuclease辨識的序列比較可行
除此之外，似乎只有在偽基因兩側自發性的(非可預期)的雙股斷裂
才有可能引發DSBR移除偽基因
假使上述板友接受這個說法
那就沒有DSBR或基因剪除機制會有造成細胞能量的問題
畢竟這套機制不只是會剪來剪去
而是為了更重要的是目的--也就是維持基因體穩定
另外對於板友討論的我也有兩個部分感興趣
像是以細菌的角度來解釋只要第一代恰巧剪除偽基因就有利於第二代的可能性時
依照我對於DSBR的觀點
以及推測DNA雙股斷裂的位置可能呈現常態分佈
那麼如果某細胞能恰巧剪除不需要的基因或偽基因時
不就表示暗示有太多其他的細胞比較衰尾剪到不該剪的？
這樣好像是買彩券中大獎就能富兩代一樣
可是萬一沒中獎呢？會不會反而讓偽基因出現？
不過還是說這個觀點是建立在並不存在專一的偽基因剪除機制的假設下
第二個感興趣的則是偽基因的chromosome structure特徵
一般對於基因的觀念是越容易表現的地方histone包覆越鬆散
這牽涉到GC content、histone modification與binding protein的調控
因此既使偽基因曾經能活化表現過
但是在偽化持續不表現之後，想必包覆的histone會越來越難打開
那麼想要求這些緊閉的DNA片段產生DNA雙股斷裂並剪除此處偽基因
我想應該會比剪除一般正常表現的基因稍難吧
另外再補充遺傳的觀點，雖然這一類的例子不是那麼貼切
有些hereditary syndrome是來自proximal promoter region mutation or deletion
我覺得這種情況似乎能引伸到"偽基因的剪除機制"不全是有利於後代
萬一剪到不該剪的位置
不僅僅無法真正消除偽基因
還可能把正常的基因給偽基因化了
※ 引述《Onagraceae (Epilobium)》之銘言：
: 感謝s大的文章提醒
: 我才瞬間發現p大說的能量消耗不是指單純的突變
: 而是修剪機制
: 不過即使真的有辦法演化出來剪偽基因的酵素/機制，而且可以非常有效辨識偽基因
: 我們也得想想下列問題
: 1)合成這個酵素/機制所花的能量，是否能大過因為偽基因帶來的能量耗損
: 2)即使真的大過偽基因帶來的能量耗損，當偽基因被愈切愈少時，
: 偽基因帶來的能量耗損也會變少，最終依然變成浪費能量去合成那些酵素/機制
: 3)一旦所有的偽基因被切除乾淨，這個剪偽基因的酵素/機制也瞬間無用了
: 這時他雖可轉出蛋白質，但毫無作用，十足是個「準」偽基因
: 最後這個機制也會因為變異的累積，成為新一代的偽基因
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