Re: [求救] site-directed mutagenesis

看板Biotech (生命科學)作者 (台南工作的基隆人)時間13年前 (2011/11/15 23:41), 編輯推噓7(7011)
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※ 引述《nhxcyge (人生就像個不可逆反應)》之銘言: : 我現在是做A基因的點突變, : 用的方法是利用complement primer 25bp,而突變設計在中間 : 利用這組primer做完pcDNA3-A一整圈plasmid,大小約6.7kb : 目前卡在PCR出來的產物很少很少,以致於做transform後都沒有colony長出來… : 曾想過把多管PCR產物跑膠(先以DpnI digest)後,把少量的產物集中一起elution : 但濃度還是很低(1.1 ng/ul)。 : 另外因此突變點位在基因末端(離stop codon約30bp,全長約1.4kb),所以用下述方法 : 心想應該行不通 : F1----------> F2---------> : ------------------------------------------------------ : |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| : ------------------------------------------------------ : R1<--------- : R2<---------- : 二段PCR產物overlap處為mutation site,不過會變成F1、R1夾出來1300多bp而F2、R2 : 夾出來可能100bp不到的產物,再將二個大小差距那麼大的產物加在一起覺得不太可行。 : 所以想請問版上有人遇過這種狀況嗎? : Primer重新order過了,Tm值60.XX,PCR用Phusion polymerase。 我的方法不一樣 提供給大家 我的是 P---------m-----------> ------------------------------------------------------ m:mutation |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ------------------------------------------------------ <---------------P 這樣做PCR 因為沒重疊所以不太會形成primer dimer 會比較好做 要注意的地方在於我的primer尾端會加phosphate 因為這樣做出來是linear DNA所以之後拿去作ligation...... 效率不錯!!我覺得比傳統quickchange好做很多 另外我用的是fynzyme的phusion pfu 這pfu超好用 作的 超準 超快 超多 -- 單身不代表寂寞,寂寞是走在一個不愛妳的人身邊的時候。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.116.253.121 ※ 編輯: aggaci 來自: 140.116.253.121 (11/15 23:41) ※ 編輯: aggaci 來自: 140.116.253.121 (11/15 23:42) ※ 編輯: aggaci 來自: 140.116.253.121 (11/15 23:43)

11/16 00:35, , 1F
推phusion 超貴超好用
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這方法聽起來不錯! 照你這樣講的話,primer不事先加P應
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該也是可以的,只是之後要多一道PNK的步驟
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對阿 要多磷酸化這一步
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有重疊的好處是不用ligation,pcr完就可以transform了
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不重疊的話 就是blunt end ligation囉
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11/16 10:14, , 7F
phusion+1 上面+1..不用ligation省事很多
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blunt end self ligation超好作的,不可能會失敗...
11/16 11:30, 8F

11/16 11:52, , 9F
真的 但不管怎樣 肯定比TWO-STEP pcr好做很多
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11/16 15:01, , 10F
想請問樓上們,把 plasmid 做一圈出來的方法,
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11/16 15:01, , 11F
要怎麼確定沒有不小心錯在 plasmid 上?
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11/16 15:02, , 12F
我們實驗室都很怕死的做 2 step PCR
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11/16 15:02, , 13F
雖然速度沒有慢很多,但是還是很多步驟。
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11/16 15:03, , 14F
請大家給點建議~~~ 謝謝^^
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11/16 17:30, , 15F
用pfu
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但是就算用 pfu 或是 phusion 也不能保證完全不會有
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11/17 11:39, , 17F
mutation吧? 我不知道要怎麼說服老師^^"
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11/17 11:41, , 18F
樓上請看我下一篇
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